Semináre

Rok

2022

15. 12. 2022 Judita Zozomová

1. 12. 2022 Daniela Dúbravková

24. 11. 2022 Richard Hrivnák

Správanie sa druhovej bohatosti cievnatých rastlín v podraste bukových lesov pozdĺž výškového gradientu a jeho environmentálne pozadie

10. 11. 2022 Veronika Zelinová

27. 10. 2022 Veronika Cetlová

Molekulárne laboratórium oddelenia evolúcie a systematiky: projekty a problémy

13. 10. 2022 Dušan Senko

Ploché časti

29. 9. 2022 Darina Peterková

Úloha génu AtSYT1 v reakcii na soľný stres: proteomická analýza

23. 6. 2022 Luca Paoli

Air pollution in Slovakia: a story told by lichens, with a focus on threatened species

16. 6. 2022 Michal Slezák

Druhová diverzita rastlín lužných lesov – časové a priestorové zmeny

2. 6. 2022 Ľubica Liptáková

Reaktívne formy kyslíka v stresovej odpovedi rastlín

26. 5. 2022 Katarína Valentovičová

Stanovenie aktívnych foriem kyslíka v intaktných koreňoch. Ako sa vyhnúť falošne pozitívnej reakcii?

12. 5. 2022 Marek Slovák

Rola hybridizácie a introgresie v evolúcii rodu Soldanella

Hybridization is a key mechanism involved in lineage diversification and speciation, especially in ecosystems that experienced repeated environmental oscillations. Recently radiated plant groups, which have evolved in mountain ecosystems impacted by historical climate change, provide an excellent model system for studying how gene flow can drive but also prevent speciation. Using a combination of organellar and nuclear genomic data with a cytogenetic approach (FISH), we investigated the effects of hybridization and introgression on the evolution and speciation of the European Alpine System-dwelling genus Soldanella (snowbells, Primulaceae). We tested whether (1) introgression occurred recurrently during the evolutionary history of the genus; (2) Carpathian and Balkan species that usually feature large ecological amplitude have been affected by hybridization more than the widespread alpine zone-dwelling snowbell species; and (3) hybridization contributed to the speciation of S. alpina on the one hand and triggered the break down of species boundaries in Carpathian species on the other hand. We found that the pervasive introgression has occurred among ancestral lineages of snowbells and has persisted throughout the entire evolutionary history of the genus, regardless of the ecology or distribution range size of the affected species. The highest extent of introgression has been detected in the Carpathian species, which is also reflected in their extensive karyotype variation. Historical introgression occurred even between species with dysploid and euploid cytotypes, assumed to be reproductively isolated. The magnitude of introgression detected in snowbells is unprecedented in other mountain genera of the European Alpine System investigated hitherto. Our study stresses the creative evolutionary role of hybridization in facilitating but also impeding speciation and diversification processes.

5. 5. 2022 Martin Šafránek

Heterologická expresia LG3 domény DEK1

DEK1 je veľký multidoménový proteín o veľkosti 240 kDa, pričom jeho primárna aminokyselinová sekvencia si zachovala konzervovanú modulárnu štruktúru naprieč suchozemskými rastlinami. Predpokladá sa, že DEK1 pozostáva z dvoch hlavných topologických segmentov, ktoré sú dôležité pre jeho správnu funkciu: 1) membránového segmentu, ktorý je prerušený 300 aminokyselinovou slučkou a 2) cytosolickej časti, ktorá obsahuje linker s LG3 a konzervovanou kalpaínovou doménou. Kalpaínová doména DEK1 pozostáva z CysPc, charakteristickej katalytickej domény a regulačnej C2L domény. Aj napriek dlhoročnému štúdiu DEK1 stále nie je odhalený presný mechanizmus funkcie a ani samotná 3D štruktúra. K tomu, aby sme sa mohli priblížiť k tomuto cieľu, je potrebné získať proteín v čo najvyššej miere a hlavne čistote. Voľba vhodného vektora, či optimalizácia heterologickej expresie patria k základným krokom získania nadexprimovaného solubilného proteínu. Kryštalografická analýza na odhalenie 3D štruktúry zas vyžaduje získaný proteín v čo najvyššej čistote a teda je nutné vhodne zvoliť kombinácie chemicko-fyzikálnych purifikačných metód. Získanie podrobnej kvartérnej štruktúry je cesta nielen k porozumeniu funkcie proteínu, ale tiež k pochopeniu interakcií proteínu so substrátmi.

21. 4. 2022 Katarína Skokanová, 13:00, cez aplikáciu Zoom

Ovplyvní invázne šírenie Solidago canadensis hybridizácia s pôvodným druhom S. virgaurea?

Hybridizácia medzi pôvodnými a nepôvodnými druhmi rastlín môže predstavovať vážnu hrozbu pre biodiverzitu a negatívne ovplyvniť pôvodnú flóru. V našom prebiehajúcom výskume sa zameriavame na hybridný druh Solidago ×niederederi, ktorý vznikol spontánnou hybridizáciou medzi inváznym druhom S. canadensis a pôvodným druhom S. virgaurea. Prvýkrát bol tento kríženec zaznamenaný na konci 19. storočia, dnes je jeho výskyt udávaný v 17 krajinách Európy a 8 lokalít sme objavili nedávno aj na Slovensku. Hlavné ciele nášho výskumu boli: 1) objasnenie historických okolností objavenia hybrida (výsledkom je jeho lektotypizácia), 2) zosumarizovanie údajov o jeho súčasnom rozšírení a biotopových preferenciách, 3) testovanie účinnosti prietokovej cytometrie na detekciu hybridných rastlín S. ×niederederi, 4) potvrdenie hybridného pôvodu a identifikácia rodičovského druhu využitím analýz sekvencií ITS (nrDNA) a rpS15-ycf1 (cpDNA), 5) a zistenie smeru a frekvencie tvorby hybridov resp. spätného kríženia pomocou analýzy potomstva hybridných a rodičovských rastlín prietokovou cytometriou. Naše zistenia naznačujú, že hybridizácia sprevádzaná introgresiou medzi vysoko invazívnym druhom S. canadensis a druhom S. virgaurea, ktorý je prispôsobený širokému spektru lokálnych podmienok, by mohla vytvoriť ešte lepšie adaptované a teda potenciálne invazívnejšie fenotypy.

14. 4. 2022 Karol Marhold, 13:00, cez aplikáciu Zoom

Biodiversity informatic resources on the internet

According to Wikipedia, biodiversity informatics is the application of informatics techniques to biodiversity information for improved management, presentation, discovery, exploration and analysis. Most of us use its products in our every-day life. In the nomenclature practice, probably most important database project is the International Plant Names Index (IPNI), comprising all validly published species names, and for last dozens of years also infraspecific ones. Other databases, providing authoritative lists of accepted names and synonyms, have often limited geographical coverage or they are in the various stages of development. From among them, Tropicos, Euro+Med PlantBase, The Plant List, Plants of the World online or World Flora Online should be mentioned. Of particular importance are digital libraries, as Biodiversity Heritage Library, Biblioteca Digital (Real Jardín Botánico, Madrid) or Botanicus (Missouri Botanical Garden). Herbarium collections are often presented in digital form, either by individual institutions or by the portal JSTOR Global Plants, providing access to almost 3 million type specimens and other important collections from more than 300 institutions worldwide. Database of Global Biodiversity Information Facility (GBIF) comprises more than 1.5 billion distribution records on plants and animals, collection based or observations. Although data are of various quality, it is the most important information resource for biodiversity studies and applications.

Rok

2021

9. 12. 2021 Beloslava Genova (University of Plovdiv) & Kiril Vassilev (Bulgarian Academy of Sciences)

Recent status of vegetation research in Bulgaria and a collaborative study of the Danube floodplain forests

During the last six years, there has been a significant increase in the knowledge of the vegetation diversity in Bulgaria. An efficient municipality-based sampling and subsequent vegetation classification approach have been adopted. More than 8000 vegetation plots have been sampled (ca. 37% of all Bulgarian vegetation plots) recently. Vegetation classification resulted in the discovery of many new syntaxa. In addition, habitat mapping on a scale of 1:5000 was done. Thirteen percent of the territory of the country was re-investigated. A Bachelor’s thesis focusing on the Riparian forest vegetation in the Central and Western Rhodope mountains was elaborated as part of this work. Similarly, a Master thesis focusing on the diversity of hygro- and hydrophytic vegetation of two municipalities is in progress. Currently, cooperation between Bulgaria and Slovakia is taking place as a part of a research, which compares natural floodplain forests and artificial Populus plantations alongside the watercourse of the Danube river. Invasibility of both native and planted habitats has been compared and will be interpreted on a European scale. In addition, a new collaboration about habitat verification from the NaturaSat software in Bulgaria has recently started.

25. 11. 2021 Miroslav Krausko

Nielen obrazový sprievodca transportom železa v rastlinách 

Železo je dôležitým prvkom vo výžive človeka a rastliny sú jeho významným zdrojom. Zároveň môže byť limitujúcim faktorom, ktorý vplýva na rast rastlín. Formy železa, bežne sa vyskytujúce v pôde, nie sú pre rastliny priamo dostupné a rastliny využívajú rôzne stratégie, založené na redukcii alebo chelatácií železitých katiónov, aby ho boli schopné prijať. IRON-REGULATED TRANSPORTER 1 (IRT1) je kľúčovým transportérom železa z pôdy do koreňa a pracovné skupiny okolo významných vedcov sa už viac ako 20 rokov venujú štúdiu jeho lokalizácie a regulácie. My sme prispeli do príbehu o IRT1 novými poznatkami o lokalizácií v nadzemných častiach rastlín, ale aj v koreni.   Pozreli sme sa na aktivitu promótoru v jednotlivých orgánoch technikami imunohistochémie, histochémie a fluorometrie. Využili sme RT-PCR a IRT1 fluorescenčné fúzie aby sme ukázali prítomnosť dlhej a krátkej splicing formy. Zároveň sme ukázali, že prítomnosť železa v pôde vplýva na reguláciu expresie IRT1 nie len v koreni, ale aj nadzemných častiach rastlín.

11. 11. 2021 Dobromil Galvánek

Využitie poloparazitických rastlín pri ekologickej obnove

Poloparazitické rastliny sú bežnou súčasťou slovenskej flóry a vyskytujú sa v pestrej škále rôznych rastlinných spoločenstiev. Majú schopnosť asimilácie cez vlastné zelené pletivá a zároveň získavajú živiny a vodu od hostiteľa. V posledných dekádach pribúdajú poznatky o tom, že poloparazity môžu byť významným spôsobom využité v ekologickej obnove na potláčanie kompetične silných druhov tráv (napr. Calamagrostis epigejos, Phragmites australis), ale aj inváznych druhov (rod Solidago). Vlastné pokusy na viacerých lokalitách stredného Slovenska ukázali, že aplikácia poloparazitov v kombinácii s obnovným manažmentom (kosenie) má silný a rýchly účinok. Napr. výsev druhu Rhinanthus alectorolophus v kombinácii s kosením znížil medziročne pokryvnosť Calamagrostis epigejos o desiatky percent. Podobne účinný bol aj výsev druhu Pedicularis palustris na Phragmites australis v kombinácii s kosením. Poloparazity by sa mohli stať výborným pomocníkom pri ekologickej obnove lokalít, na ktorých sa šíria expanzívne alebo invázne druhy a napr. v susednej Českej republike sa už aplikujú aj v škále niekoľkých hektárov. Na Slovensku sú zatiaľ skúsenosti iba s maloplošnou aplikáciou.

28. 10. 2021 Marek Šlenker

Cardamine barbaraeoides: delimitácia druhu a objasnenie pôvodu alopolyploida

Cardamine barbaraeoides bol druh s nejasnou taxonomickou pozíciou a nejasným pôvodom. S použitím metód prietokovej cytometrie, morfometriky a sekvencií DNA sa nám podarilo tento druh jednoznačne charakterizovať a odlíšiť od ostatných. Metódou Hyb-seq sme získali sekvencie 1168 nízko-kópiových jadrových génov, cpDNA, nrDNA, s pomocou čoho sme objasnili alopolyploidný pôvod C. barbaraeoides, a zároveň demonštrovali postup, ktorý budú môcť použiť aj druhí.

7. 10. 2021 Valerii Darmostuk

Lichenicolous fungi [Department of Botany, Kherson State University, Ukraine, SAIA fellowship June – October 2021]

Department of Botany, Kherson State University was founded in 1917 as the Cabinet of Natural History («Kabinet Pryrodoznavstva») which later became a full-fledged department. Currently it covers three main research areas: 1) vascular plants (invasive plants, urban flora, geobotany, other research related to dry grassland), 2) bryology (mosses of Eastern Europe), and 3) lichenology (lichens and their communities, lichenicolous fungi). Herbarium of KSU (KHER) keeps approximately 15 000 specimens of lichens and fungi as well as 15 000 specimens of plants and 7 000 specimens of mosses. Lichenicolous fungi have been actively studied at the department for the last 5 years within the topic of my PhD study titled “Lichenicolous fungi of the steppe zone of Ukraine”. As a result, 155 species of lichenicolous fungi and 13 species of lichenicolous lichens were reported for the study area. Among them, 96 species have been registered for the territory of the Ukrainian steppe zone for the first time. Five species were described as new for science species. 41 species of lichenicolous fungi and 3 species of lichenicolous lichens were for the first time reported to Ukraine, 9 species were new to Western Europe and 3 species were new to Europe. My current research focused on diversity, distribution and ecology of lichenicolous fungi of Eastern Europe as well as a phylogeny of lichenicolous Hypocreales (genus Pronectria, Xenonectriella). Our research in PSBC SAS is focused on diversity of lichenicolous fungi on genus Solenopsora. We examined the thalli of members of the lichen genus Solenopsora (Leprocaulaceae) to learn more about their potential to host symptomatic lichenicolous fungi. Altogether, 571 specimens were screened, out of which eighty specimens yielded lichenicolous fungi (nine taxa of lichenicolous fungi and one parasitic lichen).

30. 9. 2021 Viktor Kučera

Glutinoglossum glutinosum (jazýček lepkavý), prvý nález na Slovensku!

Väčšina jazýčkovitých húb patrí medzi vzácne a považujú sa za ohrozené takmer vo všetkých krajinách ich výskytu. Nadviazali sme na výskum, ktorý vyústil do publikácie siedmych nových druhov rodu Glutinoglossum v roku 2018. Typový druh G. glutinosum doposiaľ nebol na území Slovenska zaznamenaný, všetky takto označené zbery predstavovali iný taxón. Podarilo sa ho objaviť až v marci roku 2021 v herbárovom materiáli, ktorý pochádza zo zberov na Kysuciach z roku 2020. Prezentujem variabilitu a distribúciu tohto druhu a okolnosti vedúce ku jeho nájdeniu na našom území.

9. 9. 2021 Viktor Demko

Plant calpain DEK1 governs developmental transitions in plants and is regulated at multiple levels

Calpains are tightly regulated cysteine proteases with essential functions in eukaryots. Best characterized are mammalian cytosolic calpains that have been implicated in numerous diseases such as neurodegenerative syndromes or cancer. In contrast to animals that possess multiple calpain types, plants contain a single 240 kDa membrane-anchored calpain DEFECTIVE KERNEL 1 (DEK1). Genetic analyses showed that DEK1 is indispensable for any organised growth in plants. In our view, DEK1 plays both sensory and effector role in translating local cues to enable and disable cellular machineries to constrain morphogenesis. The major unanswered questions are how is the DEK1 activity controlled and what are the molecular targets of its calpain.

In my presentation, I will discuss our current approaches to elucidate DEK1 mode of action. Our latest genetic analyses in Physcomitrium patens hint to the role of specific domains in post-translational regulation of DEK1. We also analyzed the gene regulatory networks of P. patens and identified the regulons that are deregulated in DEK1 mutants. We identified regulatory hierarchies in the five DEK1-controlled subnetworks that are consistent with the gene’s regulatory role in cell fate transitions. Given the existence of yet uncharacterized membrane-anchored calpains in different eukaryotic organisms, including those causing severe diseases, the model linking calpain activity with cell fate transitions represents a tool with potential use beyond plant biology.

17. 6. 2021 Dominik Roman Letz

Malá flóra veľká obsahom

Malá flóra Slovenska – Kľúč na určovanie cievnatých rastlín je dlho očakávanou monografiou, ktorá prinesie ucelený, no zároveň kriticky revidovaný a aktuálny prehľad o všetkých pôvodných i nepôvodných druhoch a vnútrodruhových taxónoch cievnatých rastlín, zaznamenaných na území Slovenskej republiky. Základom taxonomickej koncepcie diela je najnovší fylogenetický systém APG IV a východiskom rodového konceptu čeľadí je európsky štandard Euro+Med PlantBase. Systematický koncept bol čiastočne modifikovaný po kritickom zvážení publikovaných argumentov a konfrontácii s najnovšími výsledkami fylogenetických a taxonomických štúdií. Dielo, koncipované vo forme dichotomického určovacieho kľúča, prináša množstvo originálnych poznatkov, nakoľko väčšinu rodov spracovali špecialisti na jednotlivé skupiny. Charakteristika každého taxónu je okrem uvedenia najdôležitejších diferenciačných morfologických znakov obohatená aj o základné informácie o jeho životnej forme, období kvitnutia, somatickom počte chromozómov, prípadnom statuse ohrozenosti a legislatívnej ochrane. Uvádzajú sa tiež pre neho charakteristické biotopy, ekologické väzby, výškové vegetačné stupne, diagnostický či charakteristický status vo vzťahu k rastlinným spoločenstvám, základné informácie o jeho pôvodnosti, endemizme a rozšírení na Slovensku a popri akceptovanom vedeckom a slovenskom mene sú uvedené aj najdôležitejšie synonymá.

3. 6. 2021 Ivana Fialová

Kremík v živote rastlín (Silicon in plants)

Kremík, hoci nie je považovaný za esenciálny prvok pre rastliny, má dokázateľne pozitívny vplyv na rast a produkciu biomasy rastlín. Zmierňuje účinok biotických a abiotických stresov ako sú choroby, škodlivý hmyz, sucho, zasolenie, toxické pôsobenie kovov, nerovnováha živín, a iné. Je známe, že pôsobí ako mechanická bariéra a chelátor, ovplyvňuje antioxidačný obranný systém a syntézu rastlinných hormónov. Aj napriek tomu, že už v 60. rokoch minulého storočia bol dokázaný pozitívny vplyv Si na zníženie toxicity ťažkých kovov, doteraz nie je známy presný mechanizmus jeho pôsobenia.

Although the silicon is not considered as an essential element for higher plants, it exerts beneficial effects on plant growth and production. Silicon alleviates both biotic and abiotic stresses, diseases, insects, drought, salinity, toxic impact of metals, nutrient imbalance, etc. It acts as a mechanical barrier and chelator and at the same time it has an influence on antioxidative defense system and plant hormone synthesis. Despite the fact that the positive effect of Si on the reduction of the toxicity of heavy metals was already proven in the 1960s, the exact mechanism of its action is not yet known.

20. 5. 2021 Alica Hindáková

Zdeno Chára je slovenský hokejový obranca. Akú ligu hrajú CHARY? 

Zástupcovia radu Charales predstavujú najvyspelejší stupeň zelených fototrofných rias.

  • Na našej planéte žili už v období silúru (pred 443 miliónmi rokov), v modernej ére sa však mnohé zaradili medzi chránené rastliny.  Prečo je tomu tak?
  • Vo viacerých európskych štátoch sa aktuálne prehodnotil  stav ich ohrozenosti. Ako sme na tom s našimi dostupnými nálezmi?•           Početné taxonomické zmeny poukazujú na ťažkosti pri determinácii. Môže za tieto komplikácie stielka chár?
  • Recentné travertíny na Slovensku patria medzi chránené územia. Je ich ochrana oprávnená aj vďaka výskytu chár?
  • Zamyslime sa nad budúcnosťou chár. Čo môžeme urobiť pre to, aby ich v prírode nachádzali aj ďalšie generácie?

22. 4. 2021 Jozef Šibík & Mária Šibíková

Ekologický a botanický výskum v 21. storočí: Využitie „high technology“ a smerovanie výskumu v časoch umelej inteligencie, diaľkového prieskumu zeme a smartfónov.

Prednáška sa zaoberá možnosťami súčasnej botaniky a ekológie a trendov, ktoré určujú jej smerovanie. Na príklade vyvíjaného softvéru NaturaSAT poukazujeme na efektívnu spoluprácu vybraných vedných odvetví a dôležitosť inovatívnych, často priekopníckych myšlienok umožňujúcich držať prst na tepe doby, inými slovami byť “cool”. Bližšie predstavíme tento nástroj na analýzu, monitorovanie a mapovanie vegetácie a ich dynamiku. Nedávno vyvinutý softvér nášho tímu slúži ako primárny nástroj na implementáciu nových prístupov. Prvým výstupom je jedinečný viacúčelový nástroj, ktorý pracuje na rôznych priestorových úrovniach a poskytuje výstupy pre zainteresované strany alebo komerčný sektor, ktoré sú zodpovedné za vypracovanie znaleckých posudkov a stanovísk či analýzu leteckých a satelitných snímok využívaných pri diaľkovom prieskume Zeme. Načrtneme odpovede na otázky, či existuje príležitosť nahradiť terénnych odborníkov špičkovými technológiami a upozorníme na prekážky a výhody takéhoto prístupu. Poukážeme na nové prístupy klasifikácie vegetácie a nutnosť hľadať nové spôsoby nahrádzajúce subjektívny prístup a opakovateľnosť výsledkov aj na príklade využitia umelej inteligencie – „machine learning“, využívajúcej algoritmy a techniky umožňujúce počítačovému systému učiť sa. V prednáške tiež predstavíme nové webové rozhranie slovenskej vegetačnej databázy, ktoré atraktívnym spôsobom zautomatizuje viaceré administratívne úkony zadávania referencií, autorských kódov či výberu zápisov na základe rôznych kritérií pri zachovaní úplnej kontroly použitia dát v súlade s medzinárodnými pravidlami.

8. 4. 2021 Jaromír Kučera

Eunuchovia alebo samice? Príčiny a dôsledky gynodioécie na morfológiu, ploidiu a ekológiu druhu Stellaria graminea L. (Caryophylaceae)

Speciácia rastlín je výsledkom zložitých procesov vrátane polyploidizácie, posunu v reprodukčných stratégiách a adaptácie na nové zmeny v ekologických podmienkach. V rámci štúdie sme sa zamerali na fenomén gynodioécie na modelovom druhu Stellaria graminea L., a zisťovali sme či spôsobuje rozdielny vývoj morfológie kvetov a genómu medzi jednotlivými pohlaviami, či prispieva k vytváraniu polyploidov a kolonizácii ekologických ník. Zistili sme, že gynodioécia u tohoto druhu vedie k rozdielom v morfológii medzi jedincami so samičími a hermafroditnými kvetmi, ďalej že táto reprodukčná stratégia nemá priamy súvis s evolúciou polyploidov u študovaného druhu a že súvislosť medzi ekologickými faktormi a gynodioéciou je nepriama. Štúdia ukazuje, že gynodioécia vedie ku konvergentnému vývoju sexuálnych znakov v širokom spektre populácií, cytotypov a prostredí v rámci študovaného druhu.

25. 3. 2021 Loriana Demecsová

Hormonálne výkyvy jačmeňa: Úloha auxínu v stresovej odpovedi koreňov jačmeňa vyvolanej vplyvom kadmia

Rast a vývin rastlín ako aj ich odpoveď na zmeny prostredia sú vo veľkej miere regulované rastlinnými hormónmi. Počas nášho výskumu sme pozorovali, že akumulácia fytohormónu auxínu, kyseliny indolyl-3-octovej (IAA), v koreňoch jačmeňa je charakteristickým znakom mierneho a stredného stresu z kadmia (Cd), čo prispieva k preorientovaniu koreňového rastu ako aj k aktivácii obranných reakcií jačmeňa. Naopak, silný stres z Cd znížil hladinu IAA a bol spojený s vysokou tvorbou reaktívnych foriem kyslíka v koreňových apexoch, ako aj so zastavením koreňového rastu. Popritom, exogénna aplikácia kyseliny indolyl-3-maslovej (IBA), prekurzora IAA, zvýšila toleranciu rastlín na Cd, keďže predovplyvnenie jačmeňa s IBA zvýšilo tvorbu oxidu dusnatého v koreňoch, čo efektívne znížilo vysokú hladinu superoxidu prítomnú pri silnom strese z Cd, následkom čoho bola akumulácia menej toxického peroxynitritu sprevádzaná výrazne nižšou Cd-indukovanou bunkovou smrťou. Aplikácia inhibítora IAA signalizácie na korene predovplyvnené IBA zvýšilo ich toleranciu voči Cd, čo koreňom pomohlo prekonať aj vystavenie smrteľnej koncentrácii Cd bez úplnej inhibície koreňového rastu.

Rok

2020

19. 3. 2020 Munazza Kiran (University of the Punjab, Pakistan)

Dermoloma: waiting for its dawn!

Dermoloma J. E. Lange ex Herink is a poorly known genus of small, grey or brown coloured agarics of the family Tricholomataceae. European species have been mostly reported from grassland ecosystems and are considered as to be a part of a group of fungi with special conservation interest often referred to as CHEGD. Twenty two out of 34 valid species names of the genus Dermoloma are published from Europe. However, the number of accepted species is very variable in Europe, ranging from 3 to 18. The most recent general European key of Nordic mycobiota to agarics distinguishes only 3 Dermoloma spp. Our preliminary phylogenetic analysis revealed several unrelated phylogenetic lineages of Dermoloma but only few are identified based on a type sequence. There is a dire need of more precise morphological studies and of multiple loci sequencing to delimit taxonomic units and to assign names for already described species.

27. 2. 2020 Ben Avis (Indiana University Northwest, USA)

Insight in understanding diversity of fetid Russula in US Midwest

The fetid Russula group in eastern North America has been well studied historically, but recent research has focused primarily on genetics instead of morphology. The lack of morphological focus has resulted in microscopy methods to be largely unknown in United States mycology. In an attempt to introduce these methods to the mycological community in the US, I am applying standardized methods developed by Slavomír Adamčík on specimens collected in eastern North America. Through genetic analyses, we believe these specimens belong to two distinct clades at species rank. We have also found that they are both related to R. pectinatoides and R. cerolens. In order to describe these clades as new species, we must find morphological differences not only between these two clades but also between each clade in the lineage. Compared to other ectomycorrhizal fungi, fetid Russulas prefer nitrophilic habitats. Due to the recent nitrification of habitats located near agricultural areas in eastern North America, further research about the ecological function of this group is important.

30. 1. 2020 Zuzana Čiamporová – Zaťovičová

Biomonitoring 2.0 – nový prístup k hodnoteniu stavu a kvality vodných ekosystémov s využitím molekulárnych dát

Kvalita povrchových a podzemných vôd je v súčasnosti pod silným antropogénnym tlakom a aj preto podľa Rámcovej smernice o vode európske štáty vrátane Slovenska vodné ekosystémy pravidelne monitorujú. Súčasné hodnotenie kvality vôd je založené na morfologickej determinácii vodných organizmov, čo obnáša množstvo úskalí. Ako možné riešenie týchto nedostatkov sa v súčasnosti testujú vysoko výkonné metódy genetického skríningu, ako je (e)DNA metabarkóding. Potenciál tohto „biomonitoringu novej generácie“ („Biomonitoring 2.0“) sa momentálne rieši v rámci COST projektu „DNAqua.Net“, ktorý združuje vyše 300 expertov z celého sveta. Kľúčovou podmienkou pre nový spôsob biologického monitoringu je existencia robustných referenčných knižníc (databáza BOLD) umožňujúcich determináciu metabarkódingových dát, na čom sa podieľajú aj výskumníci z Odd. Geobotaniky CBRB SAV. Napriek existujúcim barkódingovým iniciatívam v zahraničí stále existujú výrazné medzery v pokrytí vodnej bioty Európy referenčnými molekulárnymi dátami, vrátane lokálnej vnútrodruhovej variability. To nás viedlo k založeniu platformy AquaBOL.SK, ktorej hlavným cieľom je vybudovať kvalitnú referenčnú knižnicu molekulárnych dát vodnej bioty Slovenska pre vedecké účely, aj využitie v praxi.

23. 1. 2020 Zuzana Fačkovcová & Luca Paoli

Vplyv ťažby dreva v mediteránnych dubových lesoch na lišajníky indikujúce vysokú kvalitu prostredia

Znečistenie ovzdušia a intenzívne obhospodarovanie lesov môžu výrazne ovplyvniť prežitie epifytických lišajníkov zabezpečujúcich významné funkcie v lesných ekosystémoch. Trvalo udržateľné obhospodarovanie by preto malo zohľadňovať aj prežitie citlivých kryptogamov, ktoré majú dlhší regeneračný čas, a teda zabezpečiť fungovanie lesných ekosystémov. Na príklade ohrozeného makrolišajníka Lobaria pulmonaria (L.) Hoffm., ktorý je považovaný za „vlajkový“ druh lesných ekosystémov s dlhou ekologickou kontinuitou, rozoberieme vplyv manažmentového zásahu na vitalitu jeho populácií v mediteránnom dubovom lese a uvedieme tiež výskumné témy zamerané na zistenie vhodných manažmentových opatrení pre zachovanie populácií tohto ohrozeného lišajníka.

Rok

2019

5.12.2019 o 13.00 zasadačka BÚ CBRB SAV na prízemí

Skryté naturalizácie až invázie pod našimi oknami: pozoruhodné cievnaté rastliny splanené v areáli SAV v Bratislave-Patrónke

Pavol Mereďa ml., Dominik Romam Letz

V areáli Slovenskej akadémie vied v Bratislave-Patrónke a v blízkom okolí sa vyskytuje viacero cievnatých rastlín, ktorých spontánny výskyt je na Slovensku veľmi zriedkavý, resp. nedostatočne zmapovaný. Patria sem aj 4 listnaté dreviny, ktorých splanievanie bolo zo Slovenska doposiaľ uvádzané len v rámci Arboréta Mlyňany, pričom v areáli SAV tieto druhy vytvárajú často mnohopočetné populácie mimo kultivovaných plôch. Pod oknami Botanického ústavu CBRB SAV sa tak ukrýva zaujímavé prírodné laboratórium šírenia a zdomácňovania exotických rastlín, do ktorého Vás v prednáške pozývame vstúpiť a pozorovať v ňom práve prebiehajúce procesy.

26. 11. 2019, utorok 13:00 zasadačka BÚ CBRB SAV na prízemí

1. Evolúcia na homoploidnej úrovni na príklade dvoch zástupcov z čeľade Asteraceae

Katarína Skokanová

Na základe štúdia genetickej, morfologickej, ekologickej variability a variability vo veľkosti DNA dnes vieme, koľko druhov a podruhov tvorí skupiny Cyanus tuberosus a koľko agregát Tephroseris longifolia. Zástupcovia oboch skupín patria medzi 85% rastlín, na ktorých vzniku sa priamo nepodieľala polyploidizácia. V rámci prednášky chcem preto poukázať na podobné vzory variability v rámci týchto homoploidných skupín a rozobrať mechanizmy a faktory podmieňujúcediverzifikáciu na homoploidnej úrovni.

2. Evolučný význam duplikácie genómu: prípad jedného bulharského chlpánika

Barbora Šingliarová

Duplikácia celého genómu (polyploidizácia) je jednou z hlavných evolučných síl u krytosemenných rastlín. Zatiaľčo u niektorých skupín k nej došlo v dávnej minulosti, u iných je stále prebiehajúcim procesom. Táto najzávažnejšia mutácia v rastlinnej ríši ovplyvňuje reprodukčné procesy, expresiu génov, fenotyp, fyziológiu, a tým aj ekológiu vznikajúcich polyploidov. V mojej prednáške Vám porozprávam o jej priamych dôsledkoch na evolučné úspechy a neúspechy mojej obľúbenej rastliny, ktorej súkromie napádame z rôznych strán už dlhé roky.

7.11.2019 o 10:30 zasadačka BÚ CBRB SAV na prízemí

1. Karpatské lúky a pasienky – premeny v čase z pohľadu optimistického prírodovedca

Monika Janišová

Poloprírodné lúky a pasienky sú spoločným dielom človeka, prírody a času. Tak ako sa mení ľudská spoločnosť, menia sa aj oni, ich rozloha, druhové zloženie, diverzita. Hlbším pohľadom do histórie môžme pochopiť mnoho z našej súčasnosti. Na príkladoch z rôznych regiónov Karpát si ukážeme vplyv spoločenského, ekonomického a politického vývoja na súčasný stav rastlinnej rozmanitosti travinno-bylinných biotopov. Zamyslíme sa, prečo je potrebné chrániť lúčnu biodiverzitu a ako môžeme naše prírodovedecké odhodlanie predostrieť verejnosti v tejto modernej dobe.

23. 10. 2019 o 13:00 zasadačka BÚ CBRB SAV na prízemí

1. Zväz Polygono-Trisetion – posledný mohykán horských kosných lúk v Karpatoch – minulosť, prítomnosť, budúcnosť

Katarína Vantarová

Horské trojštetové lúky združujú spoločenstvá horských mezofilných lúk, vyvinutých na stredne hlbokých až hlbokých pôdach s obsahom vápencového skeletu. V druhovom zložení sú dominantne a konštantne zastúpené širokolisté byliny a lúčne druhy triedy Molinio-Arrhenatheretea, ku ktorým pristupujú druhy vysokohorských bylinných nív triedy Mulgedio-Aconitetea a druhy alpínskych trávnikov. V súčasnosti je celkový charakter horských, kosných lúk mozaikovitý. Vyskytujú sa prevažne maloplošne a sú viazané na montánny, submontánny až subalpínsky stupeň pohorí. Cieľom výskumu je vytvorenie nadnárodného syntaxonomického prehľadu a revízia zväzu Polygono-Trisetion v Karpatoch (Slovensko, Poľsko, Ukrajina a Rumunsko) použitím moderných klasifikačných metód (numerická klasifikácia, semi-supervised K-means, Elektronický expertný systém, DCA) a ekologické zhodnotenie vegetácie.

2. Sledovanie vplyvu manažmentových zásahov a jeho význam pre údržbu a ochranu lúčnych spoločenstiev

Iveta Škodová

Mnohé poloprírodné travinno-bylinné biotopy európskeho významu v rámci NATURA 2000 sú v rámci celej Európy v súčasnosti v nepriaznivom stave v dôsledku sukcesných zmien, ku ktorým dochádza najmä po opustení obhospodarovania. Ak sa nebude na lúkach pásť a kosiť, postupne zarastú lesom (v horšom prípade sa zastavajú). Ak ale chceme, aby tieto biotopy zostali v reprezentatívnej miere zachované, buď opustíme pohodlie našich kancelárií a začneme chovať dobytok a „dorábať chlieb náš každodenný” vlastnými rukami a obnovíme hospodárenie v krajine, alebo budeme umelo stimulovať určitý spôsob manažmentu s cieľom blokovať sukcesiu. My sme sa zatiaľ rozhodli pre tú druhú cestu a už od roku 2007 (desať rokov) kontinuálne sledujeme vplyv mulčovania ako alternatívneho manažmentového zásahu v porovnaní s tradičným kosením na trvalých plochách v Bielych Karpatoch. Doterajšie výsledky z týchto trvalých plôch ukázali, že krátkodobé použitie mulčovania ako obnovného zásahu má priaznivý vplyv na druhovú diverzitu spoločenstva. Po veľkoplošnom obnovnom zásahu v NPR Devínska Kobyla v roku 2016 a po obnove pastvy v r. 2013 sme využili zaujímavú výskumnú príležitosť a založili sme trvalé plochy na sledovanie vplyvu obnovného manažmentu tak, aby sa sledovali porasty s rôznou intenzitou zásahu (v závislosti od zarastenia náletovými drevinami pred zásahom a s rôznou intenzitou pastvy). Na základe zistených výsledkov bude možné posúdiť efektivitu zásahov, ako aj formulovať odporúčania pre ochranársku prax.

1. 10. 2019, utorok 13:30 zasadačka BÚ CBRB SAV na prízemí

Membránové proteíny v rastlinných bunkách a náš príspevok k poznaniu niektorých z nich

Ján Jásik

Okolo 20 % génov v genómoch eukaryotických buniek kóduje proteíny, ktoré sú asociované s membránou. Integrálne membránové proteíny obsahujú aspoň jednu, zvyčajne viacej, transmembránových domén, ktoré sú tvorené minimálne z 20-tich hydrofóbnych aminokyselín ako sú leucín, isoleucín, valín. Tento úsek sa dokáže vnoriť do lipidickej dvojvrstvy membrán. Membránové proteíny majú rozmanité funkcie. Pomocou niektorých membránových proteínov, ktoré slúžia ako próby sa študuje aj dynamika samotných membrán ako exocytóza, endocytóza, vezikulárny transport a fúzia membrán. Týmto procesom v rastlinných bunkách sa venuje len posledných 10-15 rokov a sú pomerne málo preskúmané. V našich projektoch sa zaoberáme niektorými membránovými proteínmi ako sú rastlinné synaptotagmíny, IRT transportéry železa, PIN auxínové transportéry či DEK1 proteín. Molekulárno-biologickými, genetickými, farmakologickými, bunkovo-biologickými, chemicko-analytickými a mikroskopickými metódami sa snažíme nájsť funkciu proteínov, študovať reguláciu expresie ich génov na rôznorodej úrovni a charakterizovať vnútrobunkovú dynamiku proteínov. Pokúsim sa uviesť, aké sme zhruba dosiahli výsledky a načrtnúť ďalšie smerovanie projektov. Môj príspevok bude slúžiť ako úvod pre prednášky ďalších členov kolektívu, ktorí podrobnejšie rozoberú riešené problematiky.

24. 9. 2019, utorok 13:00 zasadačka BÚ CBRB SAV na prízemí

Nepôvodné druhy vodných rastlín na Slovensku: čo tu máme a čo by sme mohli mať, odkiaľ prišli a kde sa u nás cítia dobre, a pár návrhov ako ďalej v ich výskume

Richard Hrivnák (spolupráca s Jana Podroužková Medvecká, Peter Baláži, Kateřina Bubíková, Helena Oťaheľová, Marek Svitok)

Nepôvodné druhy vyšších rastlín už dnes predstavujú významnú časť slovenskej flóry. Vodné rastliny boli doposiaľ len nepatrným zlomkom tejto rozmanitosti. Štúdiom existujúcich údajov a intenzívnou a dlhodobou terénnou prácou sme získali aktuálne informácie o histórii týchto druhov, ich distribúcii a ekológii na území Slovenska. Súčasné poznanie nám umožňuje načrtnúť ďalšie smerovanie výskumu tejto špecifickej skupiny našej flóry do budúcnosti.

19. 9. 2019, štvrtok 13:00 zasadačka BÚ CBRB SAV na prízemí

Evolúcia, biogeografia a ekológia príbuzných lišajníkov so silnou afinitou k Mediteránnej klíme

Anna Bérešová

V súčasnosti sa lichenológom už málokedy na prírodných lokalitách Slovenska prihodí nasledovné: pozeráme sa na niečo viditeľné voľným okom a je hneď jasné, že to určite nepatrí k žiadnemu z vyše 1500 druhov uvádzaných z nášho územia. Toto sa nám prihodilo aj v roku 1999 v Malých Karpatoch, neďaleko od Malaciek. Po vychutnaní pekného výhľadu na okolité skalné steny a lesy nás na zlepencovej stene upútali z diaľky viditeľné, jasno biele stielky lišajníkov. Potešili sme sa – to predsa rastie v Stredomorí. Našli sme ďalší zaujímavý prvok. Nález lišajníka solenopsóry belavej nás zaujal. V nasledujúcich rokoch sme zistili, že nájsť ho v karpatsko-panónskej oblasti Slovenska nie je také jednoduché. Doteraz sme ho videli len na piatich ďalších miestach (a pátrame intenzívne). Najprv sme sa zaoberali fylogenetickými aspektami zástupcov tohoto rodu, neskôr fylogeografiou mykobionta solenopsóry belavej. Aktuálne sa venujeme podrobnejšie druhému kľúčovému partnerovi symbiotickej asociácie tohoto zaujímavého lišajníka, fotoautotrofným riasam. A čomu všetkému sa popri tom venujeme?

2. 7. 2019, zasadačka BÚ CBRB SAV na prízemí

1. Interakcia medzi reaktívnymi formami kyslíka a auxínmi pri koreňovom raste

Interplay between reactive oxygen species and auxin signalling during root growth

Mgr. Loriana Demecsová

Reactive oxygen species (ROS) are versatile molecules participating in a numerous cellular processes. Whereas the biotic and abiotic stress produced ROS are well known to cause oxidative stress, leading to cell damage; there is also a role for ROS in plant cell signalling during various physiological processes. Furthermore current research suggests that the plant growth regulator auxin may be the connecting link regulating the level of ROS and directing its role in oxidative damage or signalling in plant. Therefore the aim of this seminar is to report about recent knowledge about the possible interplay between ROS and auxin signalling, be it during root growth, root gravitropism or during stress conditions.

Reaktívne formy kyslíka (RFK) patria medzi molekuly zúčastňujúce sa mnohých bunkových procesov rastlín. Je všeobecne známe, že RFK vyvolané biotickým alebo abiotickým stresom spôsobujú oxidačný stres, vedúci k poškodeniu buniek; avšak RFK majú svoju funkciu aj pri signalizácii v rastlinných bunkách počas rôznych fyziologických procesov. Okrem toho súčasný výskum naznačuje, že jeden z regulátorov rastu rastlín, auxín, môže byť spojovacím článkom, ktorý reguluje hladinu ako aj funkciu RFK či už pri oxidačnom poškodení alebo pri signalizácii v rastline. Preto je cieľom tohto seminára predstaviť najnovšie poznatky o možnej interakcii medzi RFK a auxínmi, či už pri raste koreňa, koreňovom gravitropizme alebo počas stresových podmienok.

2. Phylogenetic analyses and discovery of new species of the genus Russula (Fungi) associated with Quercus humboltii in Colombia

Michelle Vera Castellanos

Universidad del Rosario, Bogotá, Colombia; the IAPT research grant at Plant Science and Biodiversity Centre SAS

Colombia is the country with the highest diversity of different groups of organisms in the world, for example of orchids and birds. This is not true for diversity of oak trees, the country with highest diversity of oaks is Mexico and Colombia has only one oak species, Quercus humboltii, that is the only natural oak species in South America and is endemic to the country. Oak is the host tree of ectomycorrhizal fungi and specifically it is known for high species diversity of Russula species colonising its roots. Very little is known about Russula diversity in Colombia, and only 6 native species very described from the country. Majority of Russula reports from Colombia originates from oak forests and the species are often named with European or North American names. There is no a single phylogenetic study to prove broad distribution of Colombian Russula species and not a study confirming their possible genetic isolation. The Colombian oak is separated from oak forests of Panama and Latin America by a climate disjunction of Panama Isthmus that suggests possible speciation by distance within populations of Colombian Russula. However, some fungal symbionts of oak are also associated with alternative hosts allowing them wider distribution. Our study is comparing collections of Russula from oak mountainous forests of Colombia with Russula collections from North Panama associated with alternative host Oreomunnea mexicana. A significant result of the study is discovery of new species of recently described group (2019) in Colombia with identical ITS nrDNA sequences to Panama collections.

25. 6. 2019 seminárna miestnosť C 2062, ÚGBR CBRB SAV

Proteomická analýza embryogénnych pletív borovice čiernej (selekcia bunkových línií s rozdielnou maturačnou kapacitou)

Katarína Klubicová

Somatická embryogenéza predstavuje účinný regeneračný systém, vhodný na štúdium základných otázok vývinu rastlín. Je považovaná aj za vhodnú metódu vegetatívneho rozmnožovania ihličnatých drevín pomocou in vitro kultúr. Doteraz nie sú úplne objasnené procesy maturácie somatických embryí a regenerácie somatických semenáčov. Cieľom výskumu je identifikácia extracelulárnych proteínov embryogénnych línií s odlišnou embryogénnou kapacitou s použitím proteomických metód. Identifikované proteíny budú podkladom na navrhnutie potenciálnych markerov pre somatickú embryogenézu a charakterizácia proteínov aktívnych pri regulácii môže prispieť k lepšiemu pochopeniu procesov prebiehajúcich počas somatickej embryogenézy u ihličnatých drevín.

30.5. 2019, štvrtok o 13:00 zasadačka BÚ CBRB SAV na prízemí

1. Faunistika v 21. storočí – faunistika nie sú len body v mape

Ing. Tomáš Čejka, PhD.

Napriek tomu, že faunistika by mala byť jedným z prvotných a základných zdrojov informácií o prírode konkrétnych prírodných celkov, je v posledných desaťročiach považovaná za marginálny odbor. Prednáška prináša pohľad na komplexne ponímaný faunistický výskum a jeho význam pre ďalšie vedné odbory, napr. ekológiu druhov či spoločenstiev živočíchov, paleoekológiu, chorológiu, ochranu prírody a i.

2. Unraveling the diversity of an ectomycorrhizal genus Russula in Pakistan

M.Phil. Munazza Kiran (University of the Punjab, Pakistan)

The genus Russula is one of the largest genera of mushroom forming fungi. A large majority of species included in the genus are edible and they play a vital role in forest ecology because of their ectomycorrhizal association to some dominant tree species. Pakistan has a great variety of landscapes with diverse topography and thus a high diversity of ecosystems and habitats. The Himalaya, Hindukush and Karakoram mountain ranges host important forests in Pakistan. These have a great and varied funga associated with the mycorrhizal tree species i.e., Abies pindrow, Cedrus deodara, Juniperus macropoda, Pinus gerardiana, Picea smithiana, Pinus wallichiana. In contrast to the global knowledge of the genus, very little is known about this genus in Pakistan. Various fungal forays, over recent years, have indicated that this is an under-sampled geographic region. Recent collections and molecular phylogenetic studies have demonstrated that the Russula diversity in Pakistan is different from European continent and majority of species might be new to science.

28. 5. 2019 seminárna miestnosť C 2062, ÚGBR CBRB SAV

Sú referenčné gény skutočne referenčné ? (selekcie vhodných referenčných génov na štúdium expresie)

Andrea Hricová

Pri štúdiu funkcie jednotlivých rastlinných génov je dôležité sledovať ich expresiu počas rôznych vývinových štádií, v rôznych pletivách, ale aj v rôznych environmentálnych podmienkach. V súčasnosti existuje niekoľko nástrojov odhaľujúcich expresiu génov záujmu resp. kvantifikáciu expresie týchto cieľových génov. Jedným z nich je qRT-PCR, ako veľmi citlivá a presná metóda kvantifikácie génovej expresie v reálnom čase. Pri jej použití je nevyhnutným predpokladom výber vhodného referenčného génu s vyhovujúcou ale najmä stabilnou expresiou bez ohľadu na skúmaný rastlinný druh či experimentálne podmienky.

24. 5. 2019, piatok o 10:30 zasadačka BÚ CBRB SAV na 3. poschodí

Polkruhovité hrubnutie bunkových stien kortexu v koreňoch N. caerulescens a jeho podobnosť s phi-hrubnutím

Phi-like crescent cortical thickenings in roots of N. caerulescens

Mgr. Ján Kováč

Phi thickenings occur in some roots as a cortical cell wall modification, together with endodermal/exodermal Casparian bands and suberin lamellae. Although the function of the two latter mentioned modifications is known, phi thickenings remain a mystery even after decades of research. The missing consensus about the function of phi thickenings is caused by a variability in their shape, position and species in which they occur. Interestingly, the cross-section of the thickenings resembling the Greek letter phi (after which the thickenings are names) may in some species resemble more the letter “C” or a half-moon, and they occupy a substantial part of the cell wall. The aim of this seminar will be to summarize the information about these crescent thickenings in comparison with ordinary phi thickenings. Issues about structure and ultrastructure, composition, development and distribution together with possible function of crescent thickenings will be discussed.

Phi hrubnutie je podobne ako tvorba Casparyho pásikov a suberínových lamiel modifikáciou bunkových stien kortikálnych buniek v koreňoch niektorých rastlín. Kým posledné dve modifikácie majú známu funkciu, phi hrubnutie bunkových stien je záhadou aj napriek desaťročiam od jeho objavenia. Nejasnosti vo funkcii phi hrubnutia sú spôsobené rozdielmi v tvare, umiestnení a vo variabilite druhov, v ktorých sa hrubnutie tvorí. Vo väčšine prípadov profil zhrubnutia pripomína fí (phi), písmeno gréckej abecedy (podobnosť s ním dala uvedenému hrubnutiu meno). Pri niektorých druhoch je však tento profil viac podobný písmenu „C“, má tvar polkruhu a zaberá podstatnú časť bunkovej steny. Cieľom seminára je súhrn informácií o tomto polkruhovitom hrubnutí a jeho porovnanie s klasickým phi hrubnutím. Zhrubnutie bude prezentované z hľadiska štruktúry a ultraštruktúry, zloženia, formovania a výskytu a rovnako aj z hľadiska možnej funkcie.

9. 5. 2019, štvrtok o 13:00 zasadačka BÚ CBRB SAV na prízemí

Čo nám priniesli vlaky z východu?

RNDr. Jana Májeková, PhD.

Doprava je dôležitým faktorom v šírení rastlinných druhov a zohráva dôležitú úlohu v introdukcii nepôvodných druhov. Zameriame sa na železničný uzol juhovýchodného Slovenska – najdôležitejšiu vstupnú bránu do Strednej Európy. Ako vyzerá floristické zloženie prekladísk Čierna nad Tisou, Dobrá, Maťovce a Veľké Kapušany? Rastú tu tie isté druhy, čo aj inde na Slovensku? A rástli tu rovnaké druhy v minulosti a teraz? Prišli k nám z východu vlakom nejakí čierni pasažieri, prípadne prepašovali sme my nejakých na východ?

30. 4. 2019 seminárna miestnosť C 2062, ÚGBR CBRB SAV

Úloha dehydrínov (gén At1g54410) pri tolerancii voči vybraným typom abiotického stresu pri tabaku

Eva Boszorádová

Dehydríny sú jednou z najviac charakterizovaných skupín LEA („Late embryogenesis abundant proteins“) proteínov. Sú považované za multifunkčné proteíny, ktoré sú prioritne spájané s procesom embryogenézy, ale môžu sa akumulovať aj vo vegetatívnych pletivách rastlín počas celého životného cyklu rastliny. V Arabidopsis thaliana bolo doposiaľ identifikovaných 10 dehydrínových génov. Všetky tieto gény obsahujú oblasti bohaté na histidín (His), ktoré vykazujú silnú afinitu ku kovom. Oblasti bohaté na His sa môžu podieľať aj na redukcii reaktívnych foriem kyslíka. Jedným z týchto génov je aj At1g54410, ktorého úlohu pri tolerancii voči vybraným typom abiotického stresu (ťažké kovy – Cd, Cu a Zn a salinita – NaCl) sme sledovali po jeho transformácii do rastlín tabaku.

25.4. 2019, štvrtok zasadačka BÚ CBRB SAV na prízemí

Diverzita a interakcie húb travinných spoločenstiev – ďalší prvok k pochopeniu environmentálnych procesov poloprirodzených travinných porastov

Mgr. Miroslav Caboň, PhD.

Travinné porasty predstavujú významné diverzitné centrá flóry a mykoflóry strednej Európy. Vývoj mykobioty týchto stanovíšť trvá desiatky až stovky rokov, avšak poloprirodzené travinné spoločenstvá v súčasnosti rapídne ubúdajú a degradujú, najmä vplyvom nevhodného manažmentu alebo sukcesie. CHEGD je skratka pre pre zástupcov čeľade Clavariaceae, rodov Hygrocybe a Entoloma, čeľade Geoglossaceae a rodu Dermoloma (takisto sú sem radené rody Camarophyllopsis a Porpoloma). Odhaduje sa, že CHEGD huby tvoria až 50% z celkovej diverzity ca. 400 druhov makroskopických húb európskych travinných porastov, pričom ich interakcie s inými organizmami a ich úloha v ekosystéme nie sú doposiaľ objasnené. Objasnenie týchto procesov môže predstavovať významný prínos k pochopeniu enviromnentálnych procesov a zmien v travinných spoločenstvách.

11. 4. 2019, štvrtok o 13:30 zasadačka BÚ CBRB SAV na prízemí

Molekulárne dáta v štúdiu diverzity, taxonómie a fylogenézy vodných chrobáčikov – príklady z Južnej Ameriky

RNDr. Fedor Čiampor, Phd.

Všetci vieme, že naše poznatky o svetovej biodiverzite sú stále do značnej miery neúplné a tento fakt je ešte vypuklejší v takých bohatých skupinách ako sú chrobáky. Bohužiaľ, podľa najnovších zistení hmyz vymiera a diverzita sa stráca. Drobnou náplasťou môžu byť nové poznatky o doposiaľ nepoznaných taxónoch, ktorých objavovanie aspoň trošku zmierňuje všeobecne negatívny trend. Vodné chrobáky čeľade Elmidae Južnej Ameriky sú z tohto pohľadu veľmi dobrým objektom. Štúdium taxonómie, systematiky a fylogenetických vzťahov týchto krásnych malých chrobáčikov za pomoci molekulárnych dát poskytuje úplne nový a výrazne pestrejší pohľad na ich súčasnú diverzitu.

3. 4. 2019, streda 13:00 zasadačka BÚ CBRB SAV na prízemí

Mechanizmus pozičnej signalizácie v rastlinách – pochopenie DEK1 dráhy.

The mechanism of positional signalling in plants – understanding of the DEK1 pathway

Mgr. Viktor Demko, PhD., Prírodovedecká fakulta, Katedra fyziológie rastlín, UK

Defective Kernel 1 (DEK1), je veľký membránový proteín s esenciálnou funkciou pre rast a vývin rastlín. Pozostáva z 23-spanning transmembránovej domény, Linker-segmentu a C-terminálne kalpaín proteázy. Loss-of-function mutácie Dek1 sú embryo-letálne a jeho znížená expresia spôsobuje rozličné defekty vrátane straty epidermálnej identity a nefunčných meristémov. Tento projekt je zameraný na odhalenie mechanizmu aktivácie DEK1 kalpaínu a identifikáciu jeho potenciálnych substrátov. V projekte kombinujeme viaceré prístupy, vrátane genetiky, bunkovej biológie a štruktúrnej biológie.

Defective Kernel 1 (DEK1), is a large membrane protein with essential functions in plant growth and development. DEK1 consists of a 23-spanning transmembrane domain, a Linker segment and C-terminal calpain protease. Loss-of-function dek1 mutants are embryo-lethal and its down-regulations cause various defects including the loss of epidermal identity and non-functional meristems. In this project we aim to unravel how is the DEK1 activated and what are its direct cellular substrates. In order to solve these problems, we combine various approaches including genetics, cell biology, and structural biology.

26. 3. 2019 Seminárna miestnosť C 2062, ÚGBR CBRB SAV

Krykonzervácia rastlinných buniek a pletív

Terézia Salaj

Kryokonzervácia je metóda udržiavania rastlinných buniek, pletív a orgánov pri ultranízkych teplotách v tekutom dusíku (-196 °C). Táto metóda sa úspešne aplikovala pre mnohé rastlinné druhy, vrátane drevín. Vzhľadom na vysokú regeneračnú schopnosť embryogénnych pletív ihličnatých drevín, je veľmi vhodná na ich dlhodobé uchovávanie. Pri ihličnatých drevinách sa úspešne použila metóda pomalého zmrazovania. Seminár je zameraný na teoretické základy kryokonzervácie a tiež na prezentáciu výsledkov, ktoré sme dosiahli pri kryokonzervácii borovice čiernej a hybridných jedlí.

19. 3. 2019, utorok 13:00, zasadačka BÚ CBRB SAV na prízemí

Ostrovy vnútrozemskej slanomilnej vegetácie v temperátnej zóne Európy – čo ich spája a čo delí?

Daniel Dítě & Zuzana Dítě

Cieľom výskumu sú vnútrozemské „ostrovy“ s výskytom halofytov od regiónu Sasko-Anhaltska v Nemecku, cez severozápadné Čechy, poľský región Kujawy, slovenský Spiš, západoukrajinský región Drohobych, cez celú Panóniu (južná Morava, oblasť Neziderského jazera, Zadunajsko (západné Maďarsko) a Veľká Uhorská nížina – Maďarsko, srbská Vojvodina, západné Rumunsko) až po enklávy slanísk v rumunskej Transylvánii a v pohorí Harghita. Na základe dosiaľ publikovaných a vlastných dát charakterizovať abiotické a biotické faktory jednotlivých vnútrozemských ostrovov halofytnej vegetácie v temperátnej zóne Európy s cieľom ich komplexného porovnania.

26. 2. 2019, utorok seminárna miestnosť C 2062, ÚGBR CBRB SAV

Molekulárne faktory zodpovedné za niektoré kvantitatívne vlastnosti semien láskavca po iradiácii

Veronika Lancíková

Výskum láskavca patrí medzi dlhodobo riešené projekty na ÚGBR CBRB SAV. Radiačnou mutagenézou boli pripravené prvé slovenské línie láskavca, ktoré predstavujú vzácny šľachtiteľský materiál. Sú charakteristické trvale zvýšenou hmotnosťou tisíc semien (HTS), jedným z najdôležitejších úrodotvorných prvkov, a väčšími semenami v porovnaní s pôvodnými genotypmi a komerčnými odrodami. Existuje predpoklad, že zvýšená hmotnosť a veľkosť semien mutantných línií láskavca je geneticky fixovaným znakom. „KVANTITA a/alebo KVALITA?“ je nosnou otázkou, ktorou sa bude prednáška zaoberať. V prednáške budú identifikované niektoré molekulárne faktory, ktoré môžu byť zodpovedné za mutantný fenotyp. Keďže škrob predstavuje hlavnú zložku semien láskavca, predstavené budú analýzy expresie génov zapojených v biosyntetickej dráhe škrobu. Na biochemickej úrovni bude prezentovaný vplyv iradiácie na celkový obsah škrobu, obsah amylózy a amylopektínu v semenách mutantných línií láskavca.

21. 2. 2019 štvrtok, 13:00, zasadačka BÚ CBRB SAV na prízemí

1. Heavy metal and micronutrient continuum in fertilizer soil-plant system in selected areas of Eastern Dry Zone of Karnataka

Vidya Chuirappurathu Sukumaran Nair

Intensive Agriculture has led to excessive nutrient uptake from soil, fertilizer and manure sources. Soil enrichment with manures and fertilizers is an old practice, however the fertilizers are obtained from ores containing metals of various levels. The addition of fertilizer containing heavy metals over the years could lead to its accumulation in soils. Thus, there is a possibility of entry in to plant system and to the human food chain. This study on the micronutrient and heavy metal distribution in fertilizer-soil-plant system in selected areas of Eastern Dry Zone of Karnataka provides an insight in to the micronutrient and heavy metal status of the area and its content in grapes, maize and mulberry. The high organic carbon was recorded in grape growing soils compared to maize and mulberry growing soils due to high organic manure addition. Cadmium was not detected in soil samples and Cr was present in trace amounts. The total metal content in soils of study area was within maximum tolerable levels. The Cu content in leaves and fruits of grapes exceeded the limits (20 mg kg-1). This study dispels several reports that addition of DAP (Diammonium phosphate) over the years have led to accumulation of cadmium and other heavy metals.

2. Krídlatky (Fallopia sect. Reynoutria, Polygonaceae): notoricky známe a predsa nepoznané

Pavol Mereďa jun., Iva Hodálová

Krídlatky patria vo svete i na Slovensku k notoricky známim inváznym rastlinám. Napriek tomu, že ich je vo svete len niekoľko (do 10) druhov a ročne sa k rôznym aspektom ich genetiky, rozšírenia, šírenia a pod. vyprodukuje množstvo článkov, viaceré aspekty z ich biológie zostávajú stále neznáme. V prednáške si predstavíme danú skupinu, ako aj otázky, ktorých zodpovedanie, či už vo svetovom alebo slovenskom meradle, stále „leží na stole“. K zodpovedaniu časti z nich by mal prispieť aj nový Vega projekt riešený na Botanickom ústave od roku 2019 s názvom „Determinácia, šírenie a vplyv inváznych rastlín na prirodzené ekosystémy: príkladové štúdie na rodoch Centaurea, Fallopia a Solidago„.

6. 2. 2019 streda, 10:00, zasadačka BÚ CBRB SAV na prízemí

Botanický informačný systém – quo vadis?

Cesta z bodu 0 k bodu https://www.youtube.com/watch?v=mWJQOJxMPZw

Milan Valachovič, Milan Chytrý* & Jiří Danihelka*

*Ústav botaniky a zoologie, Přírodovědecká fakulta, Masarykova univerzita Brno

BÚ CBRB SAV buduje Botanický informačný system. Jeho súčasť je databáza zápisov CDF, Databáza flóry Slovenska (Dataflos), karyologická databáza a ďalšie, viac-menej sprístupnené na webstránke ústavu. Dataflos avizuje zobrazovanie výskytu taxónov na rôznych podkladových mapách, ukladanie a zobrazovanie fotografií dokladových položiek, vyhľadávanie a triedenie údajov podľa rôznych kritérií (názov druhu, rodu, čeľaďe, obce, fytogeografického okresu a i.), export vyselektovaných literárnych a herbárových údajov z databázy. Výhľadovo bude slúžiť na zhromažďovanie literárnych a herbárových údajov aj o výskyte nižších rastlín na Slovensku a pre potreby spracovania ďalších zväzkov edície Flóra Slovenska. Prednáška s následnou diskusiu bude smerovať k tomu, čo urobiť, aby sme budúci čas premenili na prítomný.

29. 1. 2019, utorok, seminárna miestnosť C 2062, ÚGBR CBRB SAV

Vnútrodruhová variabillita ekotypov Arabidopsis thaliana ako odpoveď na stres indukovaný kadmiom

Miroslav Perniš

Industrializácia spoločnosti so sebou prináša zvýšené riziko ekologických katastrof ako aj zväčšovanie území znečistených rádionuklidmi a ťažkými kovmi (HM). V mechanizmoch, ktorými rastliny reagujú na prítomnosť HM (signálne a metabolické dráhy) zostáva mnoho detailov neobjasnených. Ekotypy Arabidopsis thaliana sa vyznačujú prirodzenou variabilitou v citlivosti voči ťažkým kovom a práce molekulárnej biológie naznačujú zvýšenú toleranciu ekotypu Chernobyl sprostredkovanú stabilizovaním genómu na úrovni efektívnych opráv poškodenej DNA. Autori predpokladajú vzťah medzi toleranciou voči kadmiu a dlhodobou chronickou radiáciou, ktorej sú rastliny vystavené. V našej práci vyhodnocujeme odpoveď troch rôznych ekotypov A. thaliana (Oasis, Columbia a Chernobyl) na stres indukovaný kadmiom v počiatočných fázach rastu na úrovni proteómu. Získané výsledky poukazujú na rozdielne reakcie ekotypov na prítomnosť kadmia a popisujú proteíny a mechanizmy podieľajúce sa na zvýšenej tolerancii ekotypu Chernobyl voči tomuto kovu.