Semináre

Rok

2024

14. 11. 2024 Katarína Hegedüšová, 13:00, v zasadacej miestnosti BÚ na prízemí a cez aplikáciu Zoom

Zmeny druhovej diverzity travinno-bylinných biotopov európskeho a národného významu na Slovensku po vstupe do EÚ

Využívanie krajiny sa v priebehu času dynamicky mení, čo odráža aj rozmanitosť, zloženie a štruktúru travinno-bylinnej vegetácie. Cieľom bolo posúdiť zmeny vo vegetácii pomocou opakovaných fytocenologických zápisov. Historické zápisy zo zväzov Bromion, Arrhenatherion, Calthion a Violion (1998–2003) boli získané z CDF a súkromných databáz autorov. Opakovaný výskum sa uskutočnil počas vegetačnej sezóny v rokoch 2021–2023. Zmeny vo vegetácii boli analyzované pomocou priamej (CCA) gradientovej analýzy. Na porovnanie environmentálnych podmienok medzi historickými a opakovanými zápismi jednotlivých zväzov boli použité Tichého ekologické indikačné hodnoty (TEIV), ktoré boli testované pomocou Wilcoxonovho párového testu (p<0,05). Výsledky DCCA naznačujú významné posuny v druhovom zložení vo všetkých zväzoch v závislosti od času. Štatisticky signifikanté rozdiely sú v TEIV pre svetlo vo zväzoch Bromion, Arrhenatherion a Violion a pre živiny vo zväzoch Bromion a Violion. V zväze Violion bol zreteľný posun od typických nízkosteblových porastov k vyšším, širokolistým, ale pomerne teplomilným porastom. Vo zväze Calthion boli pozorované výrazné rozdiely v teplote a vlhkosti, čo malo za následok mierny pokles hygrofilných druhov. Najväčšia relatívna zmena v druhovom zložení bola pri zväze Violion (1,5 % variability), nasledoval Arrhenatherion (0,8 %), Calthion (0,7 %) a Bromion (0,5 %).
Meeting ID: 833 8385 6219 Passcode: 851166

30. 10. 2024 Ľubomír Harenčár, 10:30 v knižnici na 2. poschodí a UGBR CBRB SAV a cez aplikáciu Zoom

An integrated database of antiglycan monoclonal antibodies based on a complex meta-analysis of published data.

24. 10. 2024 Tomáš Čejka, 13:30, v zasadacej miestnosti BÚ na prízemí a cez aplikáciu Zoom

Pomalý ako slimák?

Hoci sú mäkkýše často spájané s pomalým pohybom, pasívne spôsoby ich šírenia môžu byť oveľa dynamickejšie, než by sme očakávali. Prednáška poskytne prehľad rôznych typov pasívneho šírenia, a to nielen vďaka ľudskej činnosti, ale najmä pomocou menej známych mechanizmov, akými sú ektozoochória a endozoochória. Zameriame sa aj na dôsledky pasívneho šírenia z chorologického hľadiska a jeho vplyvu na biodiverzitu.

26. 9. 2024 Veronika Zelinová, 13:00, v zasadacej miestnosti BÚ na prízemí a cez aplikáciu Zoom

Úloha oxidu dusnatého v podmienkach hypoxie

Rastliny, najmä poľnohospodársky významné plodiny, čelia nepriaznivým environmentálnym výzvam, ako sú napr. extrémy v dostupnosti vody – suchá alebo záplavy. Záplavy obmedzujú rast a vývoj rastlín zmenou morfologických, fyziologických a biochemických procesov. Skorým príznakom po zaplavení koreňov je hypoxia – nedostatok kyslíka v pletivách, ako dôsledok výrazného zníženia difúzie plynov vo vode. Aj keď v týchto podmienkach je dostupnosť kyslíka výrazne znížená, u niektorých druhov rastlín sa zvyšuje tvorba reaktívnych foriem kyslíka (ROS). V podmienkach hypoxie sa tieto ROS môžu podieľať na signalizácii, ako aj poškodení buniek. Ďalšou charakteristickou črtou rastlinných buniek v podmienkach hypoxie je zvýšenie produkcie oxidu dusnatého (NO). Preto sme sa rozhodli objasniť úlohu ROS a NO v inhibícii rastu koreňov vyvolanej krátkodobým hypoxickým stresom. Sledovali sme zmeny redoxnej aktivity na povrchu koreňov, aktivity antioxidačných enzýmov, tvorby superoxidu, peroxidácie lipidov a bunkovej smrti pri rôznych kultivaroch jačmeňa. Naše výsledky naznačujú, že kultivary Levitus a Karmel sú náchylnejšie na náhly hypoxický stres ako kultivary Valis a Slaven a, že pri krátkodobom hypoxickom strese má extracelulárny NO kľúčovú úlohu pri udržiavaní redoxnej aktivity na povrchu koreňového apexu, ako aj pri obmedzovaní peroxidácie lipidov a bunkovej smrti v koreňoch jačmeňa.
Meeting ID: 835 2048 0795 Passcode: 592716

3. 7. 2024 Janka Libantová, 10:30 v knižnici na 2. poschodí a UGBR CBRB SAV a cez aplikáciu Zoom

Unveiling Sundew Digestion: Chitinases at Work.

Meeting ID: 886 1282 2875
Passcode: 445320

29. 5. 2024 Jan Jurčík, 10:30, knižnica na 2. poschodí UGBR CBRB SAV a cez aplikáciu Zoom

Identification and functional analysis of protein kinases substrates using „shokat“ mutants.

Protein kinase activity is crucial for cell functionality, but our understanding of it is limited. A chemical-genetic strategy allows us to create ATP-sensitive mutants (as) of protein kinases, leading to selective inhibition. We’ve expanded our knowledge on the interactomes and substrates of essential protein kinases in the fission yeast Schizosaccharomyces pombe (S. pombe). We prepared a functional as-mutant of essential protein kinase and optimized the Label-free quantitative technique for phosphoproteomic analysis. This helped us identify new potential substrates and processes regulated by essential protein kinases. Our findings reveal the regulatory roles of protein kinases and can contribute to our understanding of biochemical pathways in S. pombe.
Meeting ID: 848 0215 3750 Passcode: 909694

30. 5. 2024 Miroslava Vaculíková, 13:00, zasadačka BÚ CBRB SAV na prízemí a cez aplikáciu Zoom

Antimón ako potenciálny kontaminant aj na Slovensku

Kontaminácia antimónom je problém, ktorý vznikol v minulosti, keď bolo Slovensko celosvetovo významnou krajinou v ťažbe antimónovej rudy. V súčasnosti sú tieto bane zatvorené, ale problém zvýšenej koncentrácie Sb v ich okolitých pôdach a vodách pretrváva dodnes. Hoci Sb nie je esenciálny prvok, niektoré rastliny ho dokážu vo vyšších koncentráciách prijímať pomocou koreňov z kontaminovanej pôdy a následne translokovať aj do nadzemných častí. Častokrát do tých, ktoré sú zdrojom potravy pre herbivory, prípadne aj ľudí. V našej práci sme doposiaľ sledovali vplyv Sb na významnú poľnohospodársku plodinu kukuricu, ktorá sa pestuje aj na území Slovenska. Pochopením jej akumulačných a translokačných schopností, ako aj odpovedí na úrovni anatomických zmien a fyziologických odpovedí v prítomnosti Sb, chceme prispieť k mozaike vedomostí o vplyve Sb na rastliny a jeho potenciálnej hrozbe v potravovom reťazci. Keďže je známe, že niektoré pôdne aditíva môžu zamedziť toxickému vplyvu prvkov na rastliny, sledujeme vzájomnú interakciu Sb s kremíkom, ktorého pozitívne vlastnosti v boji s toxickými prvkami boli opísané v mnohých prácach.
Meeting ID: 860 2056 3562 Passcode: 529946

16. 5. 2024 Michal Hroneš (Katedra botaniky, Přírodovědecká fakulta, Univerzita Palackého v Olomouci), 13:00, zasadačka BÚ CBRB SAV na prízemí a cez aplikáciu Zoom

Jak polyploidie ovlivňuje rostliny? Příklad polyploidního komplexu Ornithogalum umbellatum

Polyploidie je považována za hlavního tahouna evoluce rostlin. Změna v počtu chromozomových sad představuje důležitou reprodukční bariéru a ovlivňuje přímo i nepřímo řadu rostlinných vlastností. Polyploidie výrazně ovlivnila také diverzitu snědků z okruhu snědku chocholičnatého (Ornithogalum umbellatum agg.) ve střední Evropě. Snědky z tohoto okruhu jsou pozdně jarní geofyty z čeledi Asparagaceae a vyskytují se zejména v teplejších oblastech. U tohoto komplexu jsme zatím potvrdili výskyt šesti ploidních úrovní (2x–7x), na nichž pomocí širokého spektra biosystematických metod studujeme, jak vzrůstající ploidní stupeň ovlivňuje jejich vlastnosti. V průběhu své přednášky vám představím výsledky našeho výzkumu cytologie, morfologie a fenologie tohoto okruhu a ukážu, jak se tyto výsledky promítají do aktuálního taxonomického konceptu.
Meeting ID: 889 0945 7492 Passcode: 172743

30. 4. 2024 Ahmed Abdelkhalek, 10:30, zasadačka ÚGBR CBRB SAV na 2. poschodí a cez aplikáciu Zoom

Rhizobia as a promising antiviral biocontrol agent: Faba bean case study.

Meeting ID: 818 4932 4384
Passcode: 763897

25. 4. 2024 Denisa Slabejová, 13:00, zasadačka BÚ CBRB SAV na prízemí a cez aplikáciu Zoom

Multitaxónový prístup v ekológii – otázky a výzvy

Interakcie rôznych taxónov sú základom fungovania ekosytémov. Väčšina ekologických štúdií sa zameriava na jednotlivé taxóny, čo bráni našej schopnosti odhaliť základné mechanizmy, ktoré sú zodpovedné za štruktúru komunít, ako aj za zmeny v životnom prostredí. V našom projekte sa snažíme práve takýmto komplexným multitaxonomickým prístupom zistiť vplyv pestovania monokultúr nepôvodných druhov drevín na biodiverzitu naprieč viacerými taxonomickými skupinami a škálami v porovnaní s prirodzenými lesmi. Výskum môže priniesť nový pohľad založený na štruktúrovanej informácií o biodiverzite a prispieť k pochopeniu komplexných odpovedí biodiverzity na lesný manažment a ekosystémové funkcie. Priblížime si doterajšie výsledky projektu.
Meeting ID: 812 9060 9668, Passcode: 537087

4. 4. 2024 Monika Majerová, 13:00, zasadačka BÚ CBRB SAV na prízemí a cez aplikáciu Zoom

Ktoré invázne rastliny možno na Slovensku v blízkej budúcnosti očakávať? – Modelovanie potenciálneho výskytu

V minulom roku bola pre potrebu Štátnej ochrany prírody vypracovaná rozsiahla štúdia na identifikovanie potenciálne vhodných habitatov pre šírenie inváznych druhov rastlín na základe štatistického modelovania. Celkovo bolo analyzovaných 27 inváznych druhov, ktoré sú súčasťou zoznamov inváznych nepôvodných druhov vzbudzujúcich obavy Európskej únie. Výsledky tejto predikčnej analýzy sumarizujú aktuálne informácie o výskyte cieľových druhov v Európe a na Slovensku a identifikujú základné bioklimatické faktory ovplyvňujúce ich rozšírenie. V nasledujúcej prednáške by sme vás radi oboznámili s najzaujímavejšími výsledkami tejto analýzy. Ktoré invázne rastliny môžeme na Slovensku v najbližších rokoch očakávať, a ktoré územia na Slovensku sú potenciálne najvhodnejšie pre ich úspešné udomácňovanie sa?
Meeting ID: 844 9854 1325, Passcode: 344364

29. 2. 2024 Jozef Šibík & Mária Šibíková, 13:00, zasadačka BÚ CBRB SAV na prízemí a cez aplikáciu Zoom

Cesta do pekla – prijatie inovácií pre prežitie v dynamickom a meniacom sa svete

Komfortná zóna sa môže zdať bezpečná a stabilná, no vo svete, ktorý sa neustále vyvíja, môže spoliehanie sa len na ňu viesť k premárneným príležitostiam a stagnácii. Musíme byť pripravení prijať vzrušujúci svet nových technológií a postupov. Pridajte sa k nám a preskúmajte s nami revolučnú silu diaľkového prieskumu, umelej inteligencie (AI) a využitia monitoringu akustickej diverzity. Tieto hýbatele systémových zmien (tzv. game-changers) ovplyvňujú celé odvetvia tým, že poskytujú cenné poznatky, zlepšujú rozhodovacie procesy a zvyšujú efektivitu. Prostredníctvom diaľkového prieskumu môžeme zbierať údaje na diaľku pomocou satelitov, dronov alebo lietadiel. Štúdie zvukov v krajine nám poskytujú akustický odtlačok ekologických vzorcov, čo nám umožňuje identifikovať a predpovedať kvalitu biotopov, analyzovať vzorce využívania krajiny a sledovať populácie voľne žijúcich živočíchov. Umelá inteligencia nám umožňuje efektívne analyzovať a interpretovať údaje a prinášať ešte lepšie výsledky. Využívanie týchto nových technológií si vyžaduje vystúpenie z našej komfortnej zóny a prijatie nevyhnutných zmien. Ale prečo zostávať vo svojej komfortnej zóne, keď je okolo nás toľko zaujímavého s obrovským potenciálom? Pridajte sa k nám pri našej prednáške, kde poukážeme na možné posúvanie hraníc a vezmeme vás na cestu za hranice tradičného botanického myslenia. Na základe nedávno vyvinutých jedinečných metód a nástrojov využívajúcich pokročilé údaje z diaľkového prieskumu zeme na identifikáciu a monitorovanie biotopov prostredníctvom softvéru NaturaSAT, spolu so zhromažďovaním ekoakustických údajov s cieľom poskytnúť nové poznatky o vzorcoch využívania akustickej niky v krajine, predstavíme našu rozvíjajúcu a inovatívnu tímovú prácu, ktorá prekračuje hranice tradičného spôsobu myslenia.
Meeting ID: 821 2281 6847, Passcode: 971244

20. 2. 2024 Olha Lakhneko, 10:30, knižnica na 2. poschodí UGBR CBRB SAV a cez aplikáciu Zoom

Transient drought during flowering modifies the proteome of bread winter wheat.

Drought is among the most limiting factors for sustainable agricultural production. Water shortage at the onset of flowering severely affects the quality and quantity of grain yield of bread wheat (Triticum aestivum). Herein, we measured oxidative stress and photosynthesis-related parameters upon applying transient drought on contrasting wheat cultivars at the flowering stage of ontogenesis. The sensitive cultivar (Darunok Podillia) showed ineffective water management and a more severe decline in photosynthesis. Apparently, the tolerant genotype (Odeska 267) used photorespiration to dissipate excessive light energy. The tolerant cultivar sooner induced superoxide dismutase and showed less inhibited photosynthesis. Such a protective effect resulted in less affected yield and spectrum of seed proteome. The tolerant cultivar had a more stable gluten profile, which defines bread-making quality, upon drought. Water deficit caused the accumulation of medically relevant proteins: (i) components of gluten in the sensitive cultivar and (ii) metabolic proteins in the tolerant cultivar. We propose specific proteins as markers of drought tolerance for guiding efficient breeding: thaumatin-like protein, 14-3-3 protein, peroxiredoxins, peroxidase, FBD domain protein, and Ap2/ERF plus B3 domain protein.
Meeting ID: 896 9399 2851, Passcode: 838539

15. 2. 2024 Antony Ortiz Suaréz (Rosario University, Bogota, Colombia), 13:00, zasadačka BÚ CBRB SAV na prízemí a cez aplikáciu Zoom

Russula diversity in endemic montane forests of Colombian Andes

Russula is the most diverse genus of ectomycorrhizal agarics, this genus is often dominating soil environment of ectotrophic ecosystems. The genus is understudied in Central and South America, with few known species, compare to Europe, North America and Asia where hundreds of species were published. In Andean montane forests of Colombia, Russula is hosted by trees of the family Fagaceae represented by Quercus humbdoltii and Trigonobalnus excelsa. Distribution areas and diversification of the genus is highly influenced by climatic and geographical disjunction at the Isthmus of Panama. The international collaboration on project associated with Russula diversity is using DNA barcode for preliminary phylogenetic sorting of Russula collections. Based on this, we recognised four species lineages represented at least with two species from Colombia and with well known phylogenetic placement. The first lineage is Russula subsect. Castanopsidium, is represented by two species. One is present only in Colombia. The second occurs both in Colombia and Panama, but with two distinct subspecies each restricted to a single country. This lineage is only known from tropical areas of Asia and North America. The second lineage is newly recognised Russula paludosa group represented by two Colombian and one Panamanian species. The closest known relatives to Colombian species are from boreal areas of Europe and North America. The third Russula lineage are three foetid russulas of the section Ingratula with closest known relatives in temperate areas of Europe and North America. The fourth lineage is Russula subsect. Heterophyllidia, that seems to be represented by four species in Colombia that is much more than known diversity in North America and Europe. This group is cosmopolitan and was also reported from South Hemisphere. This study helps to understand the diversity of Russula in the Andean tropical montane forests, being fundamental to the development of strategies for conservation of this endangered ecosystem.
Meeting ID: 881 1262 4402, Passcode: 694803

23. 1. 2024 Filip Kolář, 14:00, zasadačka BÚ CBRB SAV na prízemí a cez aplikáciu Zoom

Repeated adaptation in Arabidopsis to extreme environments

Repeated adaptation provides valuable insight into the predictability of evolutionary change through replicated natural experiments. We investigated genomic underpinnings of repeated local adaptation of two outcrossing Arabidopsis species (A. arenosa, A. halleri) towards challenging environments. Based on structured sampling and genome sequencing of ecologically divergent populations, transplant experiments and population genomics, we discovered rapid multi-parallel adaptation towards different environmental gradients (high elevations, toxic soils) and detected significant reuse of the same candidate genes for adaptation. Although the vast majority of the repeated candidates sourced on shared allelic variation, we also discovered a small fraction of genes exhibiting convergent evolution from independent de novo mutations. We therefore conclude that genetic divergence between populations, species and genera, affecting the pool of shared variants, is an important factor in the predictability of genome evolution.

Meeting ID: 884 5590 6663, Passcode: 287087

25. 1. 2024 Daniela Dúbravková, 14:00, cez aplikáciu Zoom

Zmeny xerotermnej vegetácie Hainburských kopcov

Budem hovoriť o článku zameranom na zhodnotenie druhovej diverzity a zmien v xerotermnej vegetácii Hainburských kopcov, ktoré sa tradične obhospodarovali intenzívnou pastvou. Od 50. rokov 20. st. boli opustené a súčasný ochranársky manažment sa aplikuje od konca 80. rokov. Analyzovali sme „nested plots“ – vegetačné zápisy v siedmich priestorových škálach, fytocenologické zápisy zopakované po 11 rokoch a staré zápisy z Rakúskej vegetačnej databázy. Intenzita pastvy mala preukazný efekt na druhovú bohatosť na malej priestorovej škále, avšak na väčšej škále boli zásadnejšie prírodné podmienky konkrétneho habitatu. Sukcesné zmeny vedú k väčšej zapojenosti porastov, druhové zloženie je ovplyvnené väčšou dostupnosťou vlahy a živín. Opakované zápisy však ukázali len malé zmeny, ktoré sú skôr dôsledkom medziročnej dynamiky ako jasného sukcesného trendu. Z toho vyvodzujeme, že ochranársky pastevný manažment tak, ako je nastavený v súčasnosti je úspešný v zachovaní druhovej diverzity a vysokého zastúpenia vzácnych a ohrozených druhov.

Meeting ID: 813 1983 4547, Passcode: 059121

2023

7. 12. 2023 Anna Bérešová, 14:00, zasadačka BÚ CBRB SAV na prízemí

Striktne mediteránne lišajníky: využítie údajov zo zbierok k charakterizácii európskeho Mediteránu

Rozšírenie organizmov je úzko späté s ekologickými ako aj evolučnými koreláciami. Stredomorské regióny sa vyznačujú dlhodobou klimatickou stabilitou od konca miocénu. Stabilita je tiež vlastnosťou skalných biotopov, ktoré sú domovom bohatej diverzity lišajníkov a uvádza sa, že práve saxikolné lišajníky lepšie reagujú na zmenu klímy. Na základe údajov zhromaždených počas nášho predchádzajúceho výskumu fylogenézy, fylogeografie, biogeografie a ekológie európskych druhov Solenopsora (Leprocaulaceae) sme analyzovali distribučné dáta z kryptogamolobických zbierok. Skúmali sme rozšírenie týchto saxikolných lišajníkov. Využili sme súbor údajov pokrývajúci oblasť Stredozemného mora a priľahlé atlantické a kontinentálne oblasti zo 40 lichenologických zbierok. Na základe klimatických údajov (WorldClim) sme skúmali klimatické charakteristiky študovaných taxónov a ich prepojenie s bioklimatickými zónami. Skonštruovali sme prediktívne modely výskytu druhov, ktoré ukazujú potenciálny výskyt vhodných lokalít a zrekonštruovali výskyt podľa minulých klimatických scenárov a predpovedí na roky 2050 a 2070. Na základe klimatických, ako aj ďalších environmentálnych premenných sme identifikovali kľúčové faktory formujúce niky zástupcov rodu Solenospora v Európe.

9. 11. 2023 Yuliia Kutsokon, 13:00, zasadačka BÚ CBRB SAV na prízemí

The non-indigenous freshwater fishes in the fauna of Ukraine

This is a review of the literature and own data on non-indigenous fishes in Ukrainian freshwaters. Excluding the cases of unsuccessful introductions and occasional findings, the list of established non-indigenous fish species in Ukraine contains 24 species. Eight of these species have been deliberately introduced and are commercially stocked, though natural spawning has not yet been confirmed. The list of successfully naturalized introductions includes 16 fish species, eight of which can be considered as invasive due to their continued range expansion with probable negative influences on aboriginal fauna. Neolimnetics species (14) were not considered non-indigenous because of their native status for Ukraine at all, but can be such for some rivers. This review highlights the major research gaps in the distribution and status of native and non-native fishes in Ukraine, which has considerable implications for the management of biodiversity and aquatic invasive species.

26. 10. 2023 Barbora Šingliarová, 13:00, cez aplikáciu Zoom

Umelá inteligencia v službách monitorovania inváznych druhov

Na zabezpečenie spoľahlivých odhadov dlhodobých trendov sú naliehavo potrebné reprodukovateľné metódy odberu vzoriek, ktoré môžu automatizovať a zásadne zvýšiť rozsah a presnosť monitorovania biodiverzity. Vo svojej prezentácii Vám predstavím projekt Biodiversa+ a uvediem predbežné výsledky jeho čiastkového pilotného projektu „Detekcia a monitoring inváznych nepôvodných druhov“, ktorého cieľom je pripraviť pôdu pre škálovateľné metódy využívajúce nové technológie na monitorovanie inváznych cudzích druhov – suchozemských rastlín, ktoré možno zistiť pozdĺž ciest, a hmyzu priťahujúceho svetlo.

19. 10. 2023 Adam Kantor, 13:00, zasadačka BÚ CBRB SAV na prízemí

Skryté, ale relevantné dáta o biodiverzite prístupné v projekte založenom na princípe občianskej vedy

Zapojenie laickej verejnosti do vedeckého výskumu naberá v posledných desaťročiach skokovo na popularite, a to najmä v oblasti biológie a ekológie. iNaturalist je jedným z úspešných projektov založených na tomto princípe, v ktorom každý deň státisíce používateľov prispievajú svojimi pozorovaniami alebo identifikáciou organizmov vyskytujúcich sa po celom svete. Napríklad z územia Nemecka sa v databáze iNaturalist nachádza už milión záznamov pozorovaní cievnatých rastlín. Čo je dôležité, väčšina týchto údajov je voľne prístupná pre vedcov. Ak je s dátami zaobchádzané s náležitou opatrnosťou, môžu predstavovať cenné údaje o diverzite a rozšírení organizmov na regionálnej alebo vyššej úrovni. Rastúca robustnosť týchto dát sprostredkováva ich aplikovateľnosť v rôznych monitorovacích aktivitách alebo vedeckých štúdiách. Základným predpokladom ich správneho využitia je však počiatočné pochopenie toho, ako tieto dáta vznikajú, čo presne obsahujú a ako ich možno z databázy získať.

15. 6. 2023 Viktor Demko, 13:00, zasadačka BÚ CBRB SAV na prízemí

Súčasné aplikácie CRISPR/Cas v experimentálnej biológii rastlín

Precízne editovanie genómu bolo v krytosemenných rastlinách dlhodobo limitované. To
oddialilo a v mnohých prípadoch ani neumožňovalo istý typ analýz funkcie génov a
predovšetkým špecifických modifikácií genómu za účelom zlepšenia agronomických
vlastností plodín. V mojej prednáške odprezentujem súčasné pokroky vo využívaní
CRISPR/Cas technológie pre cielenú mutagenézu a ďalšie modifikácie DNA a RNA v
rastlinách. Na vybraných príkladoch budem diskutovať aplikácie CRISPR/Cas v základnom
aj aplikovanom výskume rastlín.

14. 6. 2023 Prof. Dr. Lawrence E. Datnoff (Department of Plant Pathology & Crop Physiology Louisiana State University Agricultural Center, Baton Rouge, LA, USA), 10:00, zasadačka BÚ CBRB SAV na prízemí

Silicon’s role in plant stress reduction – why this element is not used routinely for managing plant health?

25. 5. 2023 Loriana Demecsová, 13:00, zasadačka BÚ CBRB SAV na prízemí

Rozdiely v regulácii génovej expresie v koreňoch jačmeňa počas kadmiového stresu

Kadmium (Cd) je látka znečisťujúca životné prostredie a predstavuje hrozbu pre poľnohospodárstvo ako aj ľudské zdravie. Preto sme sa počas našich experimentov zamerali na účinok Cd na korene jačmeňa, hlavne na rozdiely medzi miernym, stredným a silným Cd stresom. V predchádzajúcich experimentoch sme skúmali interakcie medzi reaktívnymi formami kyslíka (RFK) a dusíka (RNS) a ich možnú interakciu s fytohormónom – auxínom (IAA); v následných pokusoch sme sledovali ich zapojenie do zmien génnovej expresie koreňov jačmeňa počas Cd stresu. Po krátkom, 30-minútovom, ovplyvnení koreňov jačmeňa Cd sa prejavila zmena v génovej expresii v koreňových špičkách jačmeňa do hodiny po ovplyvnení. Navodenie týchto zmien bolo regulované auxínmi pri miernom Cd strese, a signálnou dráhou RFK pri silnom Cd strese. Medzi auxínmi aktivované gény počas mierneho Cd stresu patrili: transkripčný faktor MYB1, NADPH oxidáza, glutatiónperoxidáza a cysteínová proteáza. Medzi RFK aktivované gény počas silného Cd stresu patrili: dehydríny, askorbátperoxidáza, cysteínová proteáza a inhibítor BAX (charakteristické pre stredne a silný Cd stres).

11. 5. 2023 Pavol Mereďa, 13:00, zasadačka BÚ CBRB SAV na prízemí

Fallopia ×moravica – nová stredoeurópska invázna krídlatka

Fallopia sect. Reynoutria je malá skupina východoázijských druhov, ktorá sa celosvetovo neslávne preslávila extrémnymi inváznymi vlastnosťami. Doposiaľ sa k nej pričleňovalo 6 druhov a 1 opísaný kríženec, pričom najznámejší zástupca skupiny, F. japonica, bol zaradený medzi 100 najinváznejších organizmov sveta. Naposledy bol v tejto skupine opísaný nový taxón pred 40 rokmi – F. ×bohemica, kríženec F. japonica (var. japonica) a F. sachalinensis, opísaný na základe materiálu z Českej republiky. V roku 2022 sme opísali ďalšiu novú krídlatku, opäť na základe materiálu z územia Česka a opäť kríženca, F. ×moravica. V prednáške si okrem iného povieme ako nová krídlatka vznikla, ako vyzerá, ako ju možno odlíšiť od podobných druhov, kde sa vyskytuje a aké sú jej invázne vlastnosti.

27. 4. 2023 Susana V. Laschuetza et al., 13:00, zasadačka BÚ CBRB SAV na prízemí

Phylogeny and diversity of Camarophyllopsis (Clavariaceae, Agaricales, Basidiomycetes) in Europe

The genus Camarophyllopsis is one of the three agaric genera phylogenetically placed within the mainly clavarioid members of the family Clavariaceae. In Europe, members of the genus are reported from old, unimproved, semi-natural grasslands on loamy, weakly acidic to basic, often calcareous soil. Their basidiomata are relatively small and inconspicuous, combining brown, black and white colours, dry caps, decurrent thick lamellae and white spore print. Based on recent phylogenetic studies, a major part of the Camarophyllopsis species have been transferred to the genus Hodophilus, which leaves four remaining Camarophyllopsis species widely accepted in European literature. Groupings of Camarophyllopsis collections in UNITE sequence database and our preliminary analysis of ITS nrDNA region suggest that the genus has more than seven species in Europe, many of them probably so far unknown to science. Except for C. schulzeri, all other species are very rare and grow in semi natural grasslands of high conservation value. Ecology and trophic strategy of this fungi is not understood, but there is increasing indirect evidence that they are probably forming biotrophic symbiosis and belong to the so-called CHEGD fungi. The presented topic of Erasmus+ stay is incorporated in the current research at the Laboratory of molecular ecology and mycology and aims to define the species within Camarophyllopsis using multi-loci phylogeny and detailed morphological observations.

13. 4. 2023 Polina Dayneko (Department of Botany, Kherson State University, Kherson, Ukraine), 13:00, zasadačka BÚ CBRB SAV na prízemí

The ancient settlements of the Lower Dnipro – a refugium of the Ukrainian steppe

Ancient settlements (also called Minor Scythia in some archaeological communities), were once significant
man-made settlements (or nowadays remnants of them) with independent trade, handicrafts, and characteristic
defense complex. Over time, ancient settlements have been left for many centuries, but in the interior of
southern Ukraine they are an essential element to this day. The importance of ancient settlements as
archaeological monuments was widely recognized by the government, which assigned them as “monuments of
national importance” in 1960-1970. However, in addition to the cultural and historical functions of these sites,
they perform an important conservation value by preserving a high level of restored natural steppe vegetation.
This work presents the first special study of the flora of all 18 existing ancient settlements within Lower
Dnipro and aimed to widely assess the floristic value of ancient settlements, i.a. for nature steppe conservation.

16. 3. 2023 Zuzana Dítě & Daniel Dítě, 13:00, cez aplikáciu Zoom

Ostrovy vnútrozemskej slanomilnej vegetácie v temperátnej zóne Európy – čo ich spája a čo delí?

V prednáške predstavujeme nadnárodnú databázu 190 cievnatých rastlín viazaných na vnútrozemské slaniská strednej Európy. Druhy sme zaradili do troch kategórií (obligátne a fakultatívne halofyty, akcesorické druhy) a priradili im index salinity na 9-bodovej škále na základe nami vytvoreného vzorca. Druhá časť prednášky je zameraná na prebiehajúci výskum biogeografickej diferenciácie troch najvýznamejších oblastí s výskytom vnútrozemských slanísk (Severonemecká nížina, Panónska nížina a Transylvánia). Analyzujeme ich podobnosť z hľadiska druhového zloženia, rastlinných spoločenstiev a abiotických faktorov (klimatické a edafické), ktoré podmieňujú vysokú variabilitu halofytnej vegetácie v strednej Európe.

9. 2. 2023 Gyan Singh Shekhawat (Department of Botany (UGC-CAS), Jai Narain Vyas University, Jodhpur 342001, India), 13:00, zasadačka BÚ CBRB SAV na prízemí

Heme oxygenase (HO): A functionally diverse enzyme of photosynthetic organisms and its role in cellular signaling, metabolism and plant defense

Heme oxygenase (HO) degrades free haem released from haem proteins with the generation of ferrous iron (Fe2+), biliverdin-IXa (BV-IXa), and carbon monoxide (CO). The mechanism of haem cleavage has been conserved between plants and other organisms even though the function, subcellular localization, and cofactor requirements of HO differ substantially. The crystal structure of HO1, a monomeric protein, has been reported in mammals, bacteria, and cyanobacteria, but no such reports are available for higher plant HOs except a predicted model for pea HO1. Along with haem degradation, HO performs various cellular processes including iron acquisition/ mobilization, phytochrome chromophore synthesis, cell protection, and stomatal regulation. To date, four HO genes (HO1, HO2, HO3, and HO4) have been reported in plants. HO1 has been explored in cell metabolism; however, the divergent roles of the other three HOs are less known. The transcriptional up-regulation of HO1 in plants responds to many conditions, such as light, UV, iron deprivation, reactive oxygen species (ROS), abscisic acid (ABA), and haematin. Recently the HO1/CO/NO system has gained more attention due to its physiological cytoprotective role in plants. The study focuses on the recent advances made in plant-HO research involving its role in abiotic stress (Heavy metal/Salt) and physiological, biochemical, and molecular aspects of Heme oxygenase.

19. 1. 2023 Marek Semelbauer, 13:00, zasadačka BÚ CBRB SAV na prízemí

Ako a prečo zachraňovať lietajúcu háveď?

Vedci publikovali v posledných rokoch viacero článkov, ktoré ukazujú pokles hmyzu vo vyspelých krajinách ako Veľká Británia, Holandsko alebo Nemecko. Hmyz je dôležitý článok v terestrických a sladkovodných ekosystémoch a medzi najznámejšie služby, ktoré poskytuje ľudskej spoločnosti, patrí opeľovanie. Tradične sa veľká časť opeľovania pripisovala včele medonosnej, no mnohé súčasné vedecké poznatky zdôrazňujú význam voľne žijúcich opeľovačov. Navyše pribúdajú poznatky, ktoré ukazujú, že vysoká koncentrácia včelstiev môže mať negatívny dopad práve na populácie voľne žijúcich opeľovačov, predovšetkým veľké druhy včiel. Úbytok opeľovačov vyvoláva aj otázku, ako ich správne chrániť. Opeľovače sú prevažne obyvatelia otvorenej, parkovej krajiny. Škála možných opatrení je preto veľmi široká – od tvorby mestských lúk, cez údržbu bývalých vojenských cvičísk veľkými spásačmi až po obnovu pasienkových lesov alebo občasné vypaľovanie.

2022

15. 12. 2022 Judita Zozomová, 13:00, zasadačka BÚ CBRB SAV na 5. podlaží

Štúdium evolúcie polyploidných druhových komplexov – fylogenomický prístup. Príklady z rodov Cardamine a Alyssum (Brassicaceae)

Prezentácia bude venovaná štúdiu polyploidných druhových komplexov. Pri štúdiu ich evolúcie je potrebné brať do úvahy ako vetvenie evolučných línií v priebehu speciácie tak aj ich prepájanie v dôsledku hybridizácie. V evolučne mladých skupinách komplikuje rekonštrukciu fylogenetických vzťahov aj prítomnosť ancestrálnej variability, ktorá spôsobuje konflikt medzi fylogenetickými stromami podobne ako génový tok medzi druhmi. Klasické, doposiaľ používané genetické markery (napr. AFLP, Sangerove sekvencie vybraných lokusov) v mnohých prípadoch nedokázali objasniť evolúciu takýchto druhových komplexov. V prezentácii predstavím príklady z rodov Cardamine a Alyssum a ukážem použitie NGS metódy označovanej ako Hyb-Seq. Táto metóda kombinuje dva odlišné prístupy (‘target enrichment’ a ‘genome skimming’) čím získavame sekvencie stoviek nízkokópiových jadrových génov a zároveň mnohokópiovú DNA (napr. chloroplastový genóm). Bioinformatické spracovanie sekvencií získaných z alopolyploidných genómov je náročné, pretože by malo zahŕňať zostavenie alel, ich priradenie k homeológom (rodičovským kópiám génov), roztriedenie homeológov do subgenómov a následne tvorbu fylogenetického stromu alebo siete. V našom štúdiu sme použili a porovnali viaceré bioinformatické nástroje, ktorými sme vytvorili fylogenetické stromy pre diploidné druhy a rekonštruovali auto- a alopolyploidné speciačné udalosti. Na záver prezentácie tiež načrtnem plány do budúcnosti a ďalšie smerovanie tohto výskumu.

1. 12. 2022 Ladislav Pekarík, 13:00, zasadačka BÚ CBRB SAV na prízemí

Mali by sme konzumovať ryby (iba) na Vianoce?

Koľko rýb sa na Slovensku v porovnaní so svetom skonzumuje? Kde všade sa na Vianoce ryby konzumujú a mali by sme vôbec darovať vianočným kaprom život? Aké je vlastne životné prostredie rýb, kde a ako žijú, aký je ich životný cyklus a celkový význam pre spoločnosť? Ako ohrozujeme nadmerným rybolovom rôzne druhy rýb, a konzumácii ktorých rýb by sme sa mali vyhýbať z dôvodu drastického poklesu ich populácie? A je každá ryba zdravá? Aké nebezpečné látky môže akumulovať vo svojej svalovine? Ktoré povodia na Slovensku sú stále znečistené?

27. 10. 2022 Richard Hrivnák, 13:00, cez aplikáciu Zoom

Správanie sa druhovej bohatosti cievnatých rastlín v podraste bukových lesov pozdĺž výškového gradientu a jeho environmentálne pozadie

Štúdium alfa diverzity rastlín (vyjadrenej počtom druhov, SR) pozdĺž výškového gradientu je dlhodobo predmetom záujmu vedeckej komunity. Odozva SR je rôzna – rastúca, klesajúca, vyrovnaná alebo unimodálna, a to najmä v závislosti od dĺžky výškového gradientu. Špecificky v monodominantých porastoch akými sú bučiny, má SR obrátený unimodálny priebeh s najnižšími hodnotami v strednej časti výškového gradientu. Naša štúdia vplyvu faktorov prostredia a dendrometrických charakteristík porastov buka na SR poukázala na „tvrdý boj o zdroje“ a konkurenciu drevín a bylín v nadzemnej i podzemnej vrstve. Výrazný vplyv mala kvantita jemných koreňov buka, svetlo v podraste, pôdny dusík a pomer uhlík/dusík, ako aj vzťah medzi jemnými koreňmi buka a povrchovou skeletnatosťou a štruktúra porastu drevín.

13. 10. 2022 Tomáš Figura & Dušan Senko, 13:00, cez aplikáciu Zoom

Využitie in vitro v ochrane prírody

V posledných desaťročiach dochádza celosvetovo k drastickému úbytku množstva orchideí (Orchidaceae) a Slovensko nie je výnimkou. Jednotlivé lokality sú ohrozené sukcesiou či intenzifikáciou. Jedným z možností ako úbytok zvrátiť môže byť i posilnenie populácií dopestovanými rastlinami in vitro. Asymbiotická kultivácia in vitro je prakticky jedinou metódou na množenie terestrických orchideí. Na rozdiel od prirodzených podmienok kde uhlíkaté zlúčeniny dodáva mykorízna huba, pri asymbiotickej kultivácií in vitro je zdrojom uhlíka najčastejšie sacharóza v živnom médiu ktorá nahrádza prítomnosť mykorhiznej huby. Klíčenie semien a vývoj protokormov závisí od fyzikálnych faktorov, spôsobu povrchovej sterilizácie semien alebo prítomnosti rastových regulátorov v kultivačných médiách. Kultivácia protokormov terestrických európskych druhov prebieha obvykle za tmy niekedy s nutnosťou chladovej stratifikácie. Počas rastu sa semenáče v podmienkach in vitro niekoľkokrát subkultivujú, nasleduje prenos rastlín zo sterilného prostredia in vitro do nesterilných podmienok – do kvetináčov, kde sú ešte minimálne jednu vegetačnú sezónu.

29. 9. 2022 Darina Peterková, 13:00, zasadačka BÚ CBRB SAV na prízemí

Úloha génu AtSYT1 v reakcii na soľný stres: proteomická analýza

Salinizácia pôdy ovplyvňuje rast rastlín a poľnohospodársku produkciu. Akumulácia NaCl v pôde vedie ku celosvetovej ročnej strate 10 miliónov hektárov poľnohospodárskej pôdy. Rastliny si vyvinuli rôzne adaptívne mechanizmy na zasolenie a boli charakterizované viaceré gény, ktoré sa zúčastňujú na odpovediach voči tomuto abiotickému stresu. V rámci nášho výskumu sa venujeme rastlinným synaptotagmínom. Synaptotagmíny sú membránové proteíny s charakteristickým transmembránovým regiónom na N-konci, linkerom variabilnej dĺžky a tandemom C2 domén schopnými viazať Ca2+. Pôvodne boli definované ako senzory vápnika vo vezikulárnom transporte v nervových bunkách živočíchov. V Arábkovke thalovej (Arabidopsis thaliana) bolo identifikovaných šesť synaptotagmínov a AtSYT1 je z nich najviac a všeobecne exprimovaný. Tento proteín sa podieľa na viacerých odpovediach na biotické a abiotické stresy, avšak presné mechanizmy doposiaľ nie sú známe. V poslednom období sme v skupine pomocou mutantov atsyt1 študovali ako sa neprítomnosť AtSYT1 proteínu prejavuje na účinnosti fotosyntézy. Ďalej sme pomocou kvapalinovej chromatografie-hmotnostnej spektrometrie analyzovali, ako sa soľný stres a absencia funkcie AtSYT1 génu prejavuje na spektre proteínov v koreňoch klíčencov v in vitro podmienkach. V mojom príspevku zosumarizujem výsledky tejto proteomickej analýzy a načrtnem ďalšie smerovanie výskumu v tejto oblasti.

23. 6. 2022 Luca Paoli, 13:00, zasadačka BÚ CBRB SAV na prízemí

Air pollution in Slovakia: a story told by lichens, with a focus on threatened species

In the second half of the twentieth century, the territory of Central Europe (including Slovakia), has been exposed to increased amounts of emissions, mainly SO2, NOx and heavy metals. The emissions and subsequent air pollution resulted in negative impacts on human health and the environment, until the changing of political and socio-economic situation after 1989 in Central and Eastern Europe led to a radical decrease of emissions. Given their ability to take up atmospheric pollutants from the surrounding environment, lichens are profitably used as biomonitors of air quality. A selection of studies carried out in Slovakia and devoted to the causal relation between environmental pollution and lichens are presented, with reference to the period 1960–2020, encompassing the use of biodiversity and bioaccumulation techniques as well as ecophysiological parameters in native and transplanted lichens. The review includes pioneering up to recent monitoring studies of air pollution effects in urban and industrial areas, monitoring changes in species distribution between the nineteenth and twentieth centuries due to atmospheric pollution and habitat alteration, the retreat of sensitive species (with a focus on the model species Lobaria pulmonaria), as well as recent regional and large-scale biomonitoring in forests. Beside urban pollution, the topics cover copper and mining activities, mercury pollution, magnesite and aluminium production, steel and cement industry.

16. 6. 2022 Michal Slezák, 13:00, zasadačka BÚ CBRB SAV na prízemí

Druhová diverzita rastlín lužných lesov – časové a priestorové zmeny

Lužné lesy tvoria podstatnú biotickú zložku riečnych ekosystémov. Ich druhovú kombináciu rastlín ovplyvňujú prirodzené disturbancie (záplavový režim), hierarchia využívania abiotických zdrojov (najmä voda, živiny) a medzidruhové interakcie. Ich synergický efekt vytvára mozaikovitú štruktúru, neraz druhovo veľmi bohatého bylinného poschodia, kde sa striedajú rastliny s rôznou ekologickou nikou. Naše posledné výskumné aktivity boli zamerané na testovanie vplyvu dvoch topografických indexov, ako proxy premenných pre úroveň disturbancie (stream power index) a produktivitu prostredia (wetness index), na α-diverzitu funkčných skupín cievnatých rastlín (papraďorasty, dreviny, ohrozené a nepôvodné druhy, neofyty) v lužných lesoch. Celková diverzita rastlín bola najvyššia v presvetlených porastoch s vyšším stupňom disturbancie, pričom pozitívny efekt záplavového režimu (disturbancie) klesal s rastúcou produktivitou stanovíšť. Odozva diverzity na pôsobenie prediktorov však bola skupinovo špecifická. Porasty slatinných jelšových lesov sme naopak využili ako modelový biotop pre analýzu vplyvu nárastu dostupnosti svetla na koexistenciu cievnatých rastlín. Hodnotili sme časové zmeny v rozšírení a diverzite rastlín pozdĺž mikro-topografického (vlhkostného) gradientu. Naše zistenia naznačujú, že vyššia dostupnosť svetla viedla k signifikantnému nárastu druhovej diverzity rastlín a ich pokryvnosti, pri zachovaní pôvodných kompetično-facilitačných vzťahov.

2. 6. 2022 Ľubica Liptáková, 13:00, zasadačka BÚ CBRB SAV na prízemí

Reaktívne formy kyslíka v stresovej odpovedi rastlín

Hlavným mechanizmom toxicity kadmia je oxidačný stres, ktorý sa prejavuje v dôsledku nerovnováhy v produkcii a odstraňovaní reaktívnych foriem kyslíka (ROS). V závislosti od ich koncentrácie majú ROS v stresových odpovediach duálnu funkciu. Pri nízkej koncentrácii vyvolanej miernym stresom sú ROS signálne komponenty pre aktiváciu obranných reakcií. Vplyvom silných stresových podmienok produkcia ROS narastá. Zvýšenie ich koncentrácie vyvolanej silným stresom, prevyšujúce kapacitu antioxidačného systému, zodpovedá za oxidačné poškodenie alebo až letálne procesy. Preto je dôležité študovať mechanizmy regulujúce ROS, nevyhnutné pre ochranu buniek, pletív i celého organizmu, vedúce k zvýšeniu tolerancie rastlín voči nepriaznivým podmienkam. Viaceré publikácie dokazujú, že miestom zvýšenej produkcie ROS v koreňoch vystavených kovom sú mitochondrie a aktivácia alternatívnej oxidázy reguluje tvorbu ROS počas rôznych stresových podmienok. Na detekciu alternatívnej oxidázy sme použili metódu Western blot. Skorý nárast hladiny alternatívnej oxidázy poukazuje na to, že redukcia tvorby mitochondriálneho superoxidu je dôležitá v odpovedi apikálnych častí koreňa jačmeňa voči silnému kadmiovému stresu.

26. 5. 2022 Katarína Valentovičová, 13:00, zasadačka BÚ CBRB SAV na prízemí

Ako sa vyhnúť falošne pozitívnej reakcii pri lokalizácii aktívnych foriem kyslíka v intaktných koreňoch jačmeňa

Aktívne formy kyslíka a dusíka (ROS, RNS) sú zahrnuté v mnohých metabolických procesoch živých organizmov, či už je to proliferácia buniek, rast, diferenciácia, imunitné odpovede alebo fytopatologické procesy. Tvoria sa v apoplaste, v cytoplazme, ale aj v rôznych bunkových organelách hlavne počas transportu elektrónov v dýchacom reťazci a fotosyntéze a aj činnosťou mnohých enzýmov (NADPH oxidáza, xantín oxidáza, peroxidázy atď.). Ich produkcia v bunkách sa mení počas vývojového štádia organizmu, typu bunky, či stresových podmienok. Na detekciu ROS/RNS existuje celý rad fluorescenčných farbív. Celkové redoxné zmeny a lokalizáciu peroxynitritu je možné stanoviť napr. pomocou 2,7-dichlorodihydrofluorescein diacetátu (DCDHF-DA) a dihydrorodamínu 123 (DHR123), na lokalizáciu superoxidového radikálu je vhodné hydroetídium (HE). Objavuje sa však množstvo prác, ktoré poukazujú na nešpecifické reakcie týchto farbív s peroxidázami a oxidoreduktázami v rastlinných pletivách. Pridaním azidu sodného do farbiaceho roztoku dochádza k významnej redukcii aktivity týchto enzýmov, čo sa ukazuje ako nevyhnutný krok k predchádzaniu falošne pozitívnej reakcii pri lokalizácii ROS v intaktných koreňoch jačmeňa.

12. 5. 2022 Marek Slovák, 13:00, zasadačka BÚ CBRB SAV na prízemí

Rola hybridizácie a introgresie v evolúcii rodu Soldanella

Hybridization is a key mechanism involved in lineage diversification and speciation, especially in ecosystems that experienced repeated environmental oscillations. Recently radiated plant groups, which have evolved in mountain ecosystems impacted by historical climate change, provide an excellent model system for studying how gene flow can drive but also prevent speciation. Using a combination of organellar and nuclear genomic data with a cytogenetic approach (FISH), we investigated the effects of hybridization and introgression on the evolution and speciation of the European Alpine System-dwelling genus Soldanella (snowbells, Primulaceae). We tested whether (1) introgression occurred recurrently during the evolutionary history of the genus; (2) Carpathian and Balkan species that usually feature large ecological amplitude have been affected by hybridization more than the widespread alpine zone-dwelling snowbell species; and (3) hybridization contributed to the speciation of S. alpina on the one hand and triggered the break down of species boundaries in Carpathian species on the other hand. We found that the pervasive introgression has occurred among ancestral lineages of snowbells and has persisted throughout the entire evolutionary history of the genus, regardless of the ecology or distribution range size of the affected species. The highest extent of introgression has been detected in the Carpathian species, which is also reflected in their extensive karyotype variation. Historical introgression occurred even between species with dysploid and euploid cytotypes, assumed to be reproductively isolated. The magnitude of introgression detected in snowbells is unprecedented in other mountain genera of the European Alpine System investigated hitherto. Our study stresses the creative evolutionary role of hybridization in facilitating but also impeding speciation and diversification processes.

5. 5. 2022 Martin Šafránek, 13:00, zasadačka BÚ CBRB SAV na prízemí

Heterologická expresia LG3 domény DEK1

DEK1 je veľký multidoménový proteín o veľkosti 240 kDa, pričom jeho primárna aminokyselinová sekvencia si zachovala konzervovanú modulárnu štruktúru naprieč suchozemskými rastlinami. Predpokladá sa, že DEK1 pozostáva z dvoch hlavných topologických segmentov, ktoré sú dôležité pre jeho správnu funkciu: 1) membránového segmentu, ktorý je prerušený 300 aminokyselinovou slučkou a 2) cytosolickej časti, ktorá obsahuje linker s LG3 a konzervovanou kalpaínovou doménou. Kalpaínová doména DEK1 pozostáva z CysPc, charakteristickej katalytickej domény a regulačnej C2L domény. Aj napriek dlhoročnému štúdiu DEK1 stále nie je odhalený presný mechanizmus funkcie a ani samotná 3D štruktúra. K tomu, aby sme sa mohli priblížiť k tomuto cieľu, je potrebné získať proteín v čo najvyššej miere a hlavne čistote. Voľba vhodného vektora, či optimalizácia heterologickej expresie patria k základným krokom získania nadexprimovaného solubilného proteínu. Kryštalografická analýza na odhalenie 3D štruktúry zas vyžaduje získaný proteín v čo najvyššej čistote a teda je nutné vhodne zvoliť kombinácie chemicko-fyzikálnych purifikačných metód. Získanie podrobnej kvartérnej štruktúry je cesta nielen k porozumeniu funkcie proteínu, ale tiež k pochopeniu interakcií proteínu so substrátmi.

21. 4. 2022 Katarína Skokanová, 13:00, cez aplikáciu Zoom

Ovplyvní invázne šírenie Solidago canadensis hybridizácia s pôvodným druhom S. virgaurea?

Hybridizácia medzi pôvodnými a nepôvodnými druhmi rastlín môže predstavovať vážnu hrozbu pre biodiverzitu a negatívne ovplyvniť pôvodnú flóru. V našom prebiehajúcom výskume sa zameriavame na hybridný druh Solidago ×niederederi, ktorý vznikol spontánnou hybridizáciou medzi inváznym druhom S. canadensis a pôvodným druhom S. virgaurea. Prvýkrát bol tento kríženec zaznamenaný na konci 19. storočia, dnes je jeho výskyt udávaný v 17 krajinách Európy a 8 lokalít sme objavili nedávno aj na Slovensku. Hlavné ciele nášho výskumu boli: 1) objasnenie historických okolností objavenia hybrida (výsledkom je jeho lektotypizácia), 2) zosumarizovanie údajov o jeho súčasnom rozšírení a biotopových preferenciách, 3) testovanie účinnosti prietokovej cytometrie na detekciu hybridných rastlín S. ×niederederi, 4) potvrdenie hybridného pôvodu a identifikácia rodičovského druhu využitím analýz sekvencií ITS (nrDNA) a rpS15-ycf1 (cpDNA), 5) a zistenie smeru a frekvencie tvorby hybridov resp. spätného kríženia pomocou analýzy potomstva hybridných a rodičovských rastlín prietokovou cytometriou. Naše zistenia naznačujú, že hybridizácia sprevádzaná introgresiou medzi vysoko invazívnym druhom S. canadensis a druhom S. virgaurea, ktorý je prispôsobený širokému spektru lokálnych podmienok, by mohla vytvoriť ešte lepšie adaptované a teda potenciálne invazívnejšie fenotypy.

14. 4. 2022 Karol Marhold, 13:00, cez aplikáciu Zoom

Biodiversity informatic resources on the internet

According to Wikipedia, biodiversity informatics is the application of informatics techniques to biodiversity information for improved management, presentation, discovery, exploration and analysis. Most of us use its products in our every-day life. In the nomenclature practice, probably most important database project is the International Plant Names Index (IPNI), comprising all validly published species names, and for last dozens of years also infraspecific ones. Other databases, providing authoritative lists of accepted names and synonyms, have often limited geographical coverage or they are in the various stages of development. From among them, Tropicos, Euro+Med PlantBase, The Plant List, Plants of the World online or World Flora Online should be mentioned. Of particular importance are digital libraries, as Biodiversity Heritage Library, Biblioteca Digital (Real Jardín Botánico, Madrid) or Botanicus (Missouri Botanical Garden). Herbarium collections are often presented in digital form, either by individual institutions or by the portal JSTOR Global Plants, providing access to almost 3 million type specimens and other important collections from more than 300 institutions worldwide. Database of Global Biodiversity Information Facility (GBIF) comprises more than 1.5 billion distribution records on plants and animals, collection based or observations. Although data are of various quality, it is the most important information resource for biodiversity studies and applications.

Rok

2021

9. 12. 2021 Beloslava Genova (University of Plovdiv) & Kiril Vassilev (Bulgarian Academy of Sciences), 13:00, cez aplikáciu Zoom

Recent status of vegetation research in Bulgaria and a collaborative study of the Danube floodplain forests

During the last six years, there has been a significant increase in the knowledge of the vegetation diversity in Bulgaria. An efficient municipality-based sampling and subsequent vegetation classification approach have been adopted. More than 8000 vegetation plots have been sampled (ca. 37% of all Bulgarian vegetation plots) recently. Vegetation classification resulted in the discovery of many new syntaxa. In addition, habitat mapping on a scale of 1:5000 was done. Thirteen percent of the territory of the country was re-investigated. A Bachelor’s thesis focusing on the Riparian forest vegetation in the Central and Western Rhodope mountains was elaborated as part of this work. Similarly, a Master thesis focusing on the diversity of hygro- and hydrophytic vegetation of two municipalities is in progress. Currently, cooperation between Bulgaria and Slovakia is taking place as a part of a research, which compares natural floodplain forests and artificial Populus plantations alongside the watercourse of the Danube river. Invasibility of both native and planted habitats has been compared and will be interpreted on a European scale. In addition, a new collaboration about habitat verification from the NaturaSat software in Bulgaria has recently started.

25. 11. 2021 Miroslav Krausko, 13:00, cez aplikáciu Zoom

Nielen obrazový sprievodca transportom železa v rastlinách 

Železo je dôležitým prvkom vo výžive človeka a rastliny sú jeho významným zdrojom. Zároveň môže byť limitujúcim faktorom, ktorý vplýva na rast rastlín. Formy železa, bežne sa vyskytujúce v pôde, nie sú pre rastliny priamo dostupné a rastliny využívajú rôzne stratégie, založené na redukcii alebo chelatácií železitých katiónov, aby ho boli schopné prijať. IRON-REGULATED TRANSPORTER 1 (IRT1) je kľúčovým transportérom železa z pôdy do koreňa a pracovné skupiny okolo významných vedcov sa už viac ako 20 rokov venujú štúdiu jeho lokalizácie a regulácie. My sme prispeli do príbehu o IRT1 novými poznatkami o lokalizácií v nadzemných častiach rastlín, ale aj v koreni.   Pozreli sme sa na aktivitu promótoru v jednotlivých orgánoch technikami imunohistochémie, histochémie a fluorometrie. Využili sme RT-PCR a IRT1 fluorescenčné fúzie aby sme ukázali prítomnosť dlhej a krátkej splicing formy. Zároveň sme ukázali, že prítomnosť železa v pôde vplýva na reguláciu expresie IRT1 nie len v koreni, ale aj nadzemných častiach rastlín.

11. 11. 2021 Dobromil Galvánek, 13:00, cez aplikáciu Zoom

Využitie poloparazitických rastlín pri ekologickej obnove

Poloparazitické rastliny sú bežnou súčasťou slovenskej flóry a vyskytujú sa v pestrej škále rôznych rastlinných spoločenstiev. Majú schopnosť asimilácie cez vlastné zelené pletivá a zároveň získavajú živiny a vodu od hostiteľa. V posledných dekádach pribúdajú poznatky o tom, že poloparazity môžu byť významným spôsobom využité v ekologickej obnove na potláčanie kompetične silných druhov tráv (napr. Calamagrostis epigejos, Phragmites australis), ale aj inváznych druhov (rod Solidago). Vlastné pokusy na viacerých lokalitách stredného Slovenska ukázali, že aplikácia poloparazitov v kombinácii s obnovným manažmentom (kosenie) má silný a rýchly účinok. Napr. výsev druhu Rhinanthus alectorolophus v kombinácii s kosením znížil medziročne pokryvnosť Calamagrostis epigejos o desiatky percent. Podobne účinný bol aj výsev druhu Pedicularis palustris na Phragmites australis v kombinácii s kosením. Poloparazity by sa mohli stať výborným pomocníkom pri ekologickej obnove lokalít, na ktorých sa šíria expanzívne alebo invázne druhy a napr. v susednej Českej republike sa už aplikujú aj v škále niekoľkých hektárov. Na Slovensku sú zatiaľ skúsenosti iba s maloplošnou aplikáciou.

28. 10. 2021 Marek Šlenker, 13:00, cez aplikáciu Zoom

Cardamine barbaraeoides: delimitácia druhu a objasnenie pôvodu alopolyploida

Cardamine barbaraeoides bol druh s nejasnou taxonomickou pozíciou a nejasným pôvodom. S použitím metód prietokovej cytometrie, morfometriky a sekvencií DNA sa nám podarilo tento druh jednoznačne charakterizovať a odlíšiť od ostatných. Metódou Hyb-seq sme získali sekvencie 1168 nízko-kópiových jadrových génov, cpDNA, nrDNA, s pomocou čoho sme objasnili alopolyploidný pôvod C. barbaraeoides, a zároveň demonštrovali postup, ktorý budú môcť použiť aj druhí.

7. 10. 2021 Valerii Darmostuk, 13:00, cez aplikáciu Zoom

Lichenicolous fungi [Department of Botany, Kherson State University, Ukraine, SAIA fellowship June – October 2021]

Department of Botany, Kherson State University was founded in 1917 as the Cabinet of Natural History («Kabinet Pryrodoznavstva») which later became a full-fledged department. Currently it covers three main research areas: 1) vascular plants (invasive plants, urban flora, geobotany, other research related to dry grassland), 2) bryology (mosses of Eastern Europe), and 3) lichenology (lichens and their communities, lichenicolous fungi). Herbarium of KSU (KHER) keeps approximately 15 000 specimens of lichens and fungi as well as 15 000 specimens of plants and 7 000 specimens of mosses. Lichenicolous fungi have been actively studied at the department for the last 5 years within the topic of my PhD study titled “Lichenicolous fungi of the steppe zone of Ukraine”. As a result, 155 species of lichenicolous fungi and 13 species of lichenicolous lichens were reported for the study area. Among them, 96 species have been registered for the territory of the Ukrainian steppe zone for the first time. Five species were described as new for science species. 41 species of lichenicolous fungi and 3 species of lichenicolous lichens were for the first time reported to Ukraine, 9 species were new to Western Europe and 3 species were new to Europe. My current research focused on diversity, distribution and ecology of lichenicolous fungi of Eastern Europe as well as a phylogeny of lichenicolous Hypocreales (genus Pronectria, Xenonectriella). Our research in PSBC SAS is focused on diversity of lichenicolous fungi on genus Solenopsora. We examined the thalli of members of the lichen genus Solenopsora (Leprocaulaceae) to learn more about their potential to host symptomatic lichenicolous fungi. Altogether, 571 specimens were screened, out of which eighty specimens yielded lichenicolous fungi (nine taxa of lichenicolous fungi and one parasitic lichen).

30. 9. 2021 Viktor Kučera, 13:00, cez aplikáciu Zoom

Glutinoglossum glutinosum (jazýček lepkavý), prvý nález na Slovensku!

Väčšina jazýčkovitých húb patrí medzi vzácne a považujú sa za ohrozené takmer vo všetkých krajinách ich výskytu. Nadviazali sme na výskum, ktorý vyústil do publikácie siedmych nových druhov rodu Glutinoglossum v roku 2018. Typový druh G. glutinosum doposiaľ nebol na území Slovenska zaznamenaný, všetky takto označené zbery predstavovali iný taxón. Podarilo sa ho objaviť až v marci roku 2021 v herbárovom materiáli, ktorý pochádza zo zberov na Kysuciach z roku 2020. Prezentujem variabilitu a distribúciu tohto druhu a okolnosti vedúce ku jeho nájdeniu na našom území.

9. 9. 2021 Viktor Demko, 13:00, cez aplikáciu Zoom

Plant calpain DEK1 governs developmental transitions in plants and is regulated at multiple levels

Calpains are tightly regulated cysteine proteases with essential functions in eukaryots. Best characterized are mammalian cytosolic calpains that have been implicated in numerous diseases such as neurodegenerative syndromes or cancer. In contrast to animals that possess multiple calpain types, plants contain a single 240 kDa membrane-anchored calpain DEFECTIVE KERNEL 1 (DEK1). Genetic analyses showed that DEK1 is indispensable for any organised growth in plants. In our view, DEK1 plays both sensory and effector role in translating local cues to enable and disable cellular machineries to constrain morphogenesis. The major unanswered questions are how is the DEK1 activity controlled and what are the molecular targets of its calpain.

In my presentation, I will discuss our current approaches to elucidate DEK1 mode of action. Our latest genetic analyses in Physcomitrium patens hint to the role of specific domains in post-translational regulation of DEK1. We also analyzed the gene regulatory networks of P. patens and identified the regulons that are deregulated in DEK1 mutants. We identified regulatory hierarchies in the five DEK1-controlled subnetworks that are consistent with the gene’s regulatory role in cell fate transitions. Given the existence of yet uncharacterized membrane-anchored calpains in different eukaryotic organisms, including those causing severe diseases, the model linking calpain activity with cell fate transitions represents a tool with potential use beyond plant biology.

17. 6. 2021 Dominik Roman Letz, 13:00, cez aplikáciu Zoom

Malá flóra veľká obsahom

Malá flóra Slovenska – Kľúč na určovanie cievnatých rastlín je dlho očakávanou monografiou, ktorá prinesie ucelený, no zároveň kriticky revidovaný a aktuálny prehľad o všetkých pôvodných i nepôvodných druhoch a vnútrodruhových taxónoch cievnatých rastlín, zaznamenaných na území Slovenskej republiky. Základom taxonomickej koncepcie diela je najnovší fylogenetický systém APG IV a východiskom rodového konceptu čeľadí je európsky štandard Euro+Med PlantBase. Systematický koncept bol čiastočne modifikovaný po kritickom zvážení publikovaných argumentov a konfrontácii s najnovšími výsledkami fylogenetických a taxonomických štúdií. Dielo, koncipované vo forme dichotomického určovacieho kľúča, prináša množstvo originálnych poznatkov, nakoľko väčšinu rodov spracovali špecialisti na jednotlivé skupiny. Charakteristika každého taxónu je okrem uvedenia najdôležitejších diferenciačných morfologických znakov obohatená aj o základné informácie o jeho životnej forme, období kvitnutia, somatickom počte chromozómov, prípadnom statuse ohrozenosti a legislatívnej ochrane. Uvádzajú sa tiež pre neho charakteristické biotopy, ekologické väzby, výškové vegetačné stupne, diagnostický či charakteristický status vo vzťahu k rastlinným spoločenstvám, základné informácie o jeho pôvodnosti, endemizme a rozšírení na Slovensku a popri akceptovanom vedeckom a slovenskom mene sú uvedené aj najdôležitejšie synonymá.

3. 6. 2021 Ivana Fialová, 13:00, cez aplikáciu Zoom

Kremík v živote rastlín (Silicon in plants)

Kremík, hoci nie je považovaný za esenciálny prvok pre rastliny, má dokázateľne pozitívny vplyv na rast a produkciu biomasy rastlín. Zmierňuje účinok biotických a abiotických stresov ako sú choroby, škodlivý hmyz, sucho, zasolenie, toxické pôsobenie kovov, nerovnováha živín, a iné. Je známe, že pôsobí ako mechanická bariéra a chelátor, ovplyvňuje antioxidačný obranný systém a syntézu rastlinných hormónov. Aj napriek tomu, že už v 60. rokoch minulého storočia bol dokázaný pozitívny vplyv Si na zníženie toxicity ťažkých kovov, doteraz nie je známy presný mechanizmus jeho pôsobenia.

Although the silicon is not considered as an essential element for higher plants, it exerts beneficial effects on plant growth and production. Silicon alleviates both biotic and abiotic stresses, diseases, insects, drought, salinity, toxic impact of metals, nutrient imbalance, etc. It acts as a mechanical barrier and chelator and at the same time it has an influence on antioxidative defense system and plant hormone synthesis. Despite the fact that the positive effect of Si on the reduction of the toxicity of heavy metals was already proven in the 1960s, the exact mechanism of its action is not yet known.

20. 5. 2021 Alica Hindáková, 13:00, cez aplikáciu Zoom

Zdeno Chára je slovenský hokejový obranca. Akú ligu hrajú CHARY? 

Zástupcovia radu Charales predstavujú najvyspelejší stupeň zelených fototrofných rias.

• Na našej planéte žili už v období silúru (pred 443 miliónmi rokov), v modernej ére sa však mnohé zaradili medzi chránené rastliny.  Prečo je tomu tak?
• Vo viacerých európskych štátoch sa aktuálne prehodnotil  stav ich ohrozenosti. Ako sme na tom s našimi dostupnými nálezmi?•           Početné taxonomické zmeny poukazujú na ťažkosti pri determinácii. Môže za tieto komplikácie stielka chár?
• Recentné travertíny na Slovensku patria medzi chránené územia. Je ich ochrana oprávnená aj vďaka výskytu chár?
• Zamyslime sa nad budúcnosťou chár. Čo môžeme urobiť pre to, aby ich v prírode nachádzali aj ďalšie generácie?

22. 4. 2021 Jozef Šibík & Mária Šibíková, 13:00, cez aplikáciu Zoom

Ekologický a botanický výskum v 21. storočí: Využitie „high technology“ a smerovanie výskumu v časoch umelej inteligencie, diaľkového prieskumu zeme a smartfónov.

Prednáška sa zaoberá možnosťami súčasnej botaniky a ekológie a trendov, ktoré určujú jej smerovanie. Na príklade vyvíjaného softvéru NaturaSAT poukazujeme na efektívnu spoluprácu vybraných vedných odvetví a dôležitosť inovatívnych, často priekopníckych myšlienok umožňujúcich držať prst na tepe doby, inými slovami byť “cool”. Bližšie predstavíme tento nástroj na analýzu, monitorovanie a mapovanie vegetácie a ich dynamiku. Nedávno vyvinutý softvér nášho tímu slúži ako primárny nástroj na implementáciu nových prístupov. Prvým výstupom je jedinečný viacúčelový nástroj, ktorý pracuje na rôznych priestorových úrovniach a poskytuje výstupy pre zainteresované strany alebo komerčný sektor, ktoré sú zodpovedné za vypracovanie znaleckých posudkov a stanovísk či analýzu leteckých a satelitných snímok využívaných pri diaľkovom prieskume Zeme. Načrtneme odpovede na otázky, či existuje príležitosť nahradiť terénnych odborníkov špičkovými technológiami a upozorníme na prekážky a výhody takéhoto prístupu. Poukážeme na nové prístupy klasifikácie vegetácie a nutnosť hľadať nové spôsoby nahrádzajúce subjektívny prístup a opakovateľnosť výsledkov aj na príklade využitia umelej inteligencie – „machine learning“, využívajúcej algoritmy a techniky umožňujúce počítačovému systému učiť sa. V prednáške tiež predstavíme nové webové rozhranie slovenskej vegetačnej databázy, ktoré atraktívnym spôsobom zautomatizuje viaceré administratívne úkony zadávania referencií, autorských kódov či výberu zápisov na základe rôznych kritérií pri zachovaní úplnej kontroly použitia dát v súlade s medzinárodnými pravidlami.

8. 4. 2021 Jaromír Kučera, 13:00, cez aplikáciu Zoom

Eunuchovia alebo samice? Príčiny a dôsledky gynodioécie na morfológiu, ploidiu a ekológiu druhu Stellaria graminea L. (Caryophylaceae)

Speciácia rastlín je výsledkom zložitých procesov vrátane polyploidizácie, posunu v reprodukčných stratégiách a adaptácie na nové zmeny v ekologických podmienkach. V rámci štúdie sme sa zamerali na fenomén gynodioécie na modelovom druhu Stellaria graminea L., a zisťovali sme či spôsobuje rozdielny vývoj morfológie kvetov a genómu medzi jednotlivými pohlaviami, či prispieva k vytváraniu polyploidov a kolonizácii ekologických ník. Zistili sme, že gynodioécia u tohoto druhu vedie k rozdielom v morfológii medzi jedincami so samičími a hermafroditnými kvetmi, ďalej že táto reprodukčná stratégia nemá priamy súvis s evolúciou polyploidov u študovaného druhu a že súvislosť medzi ekologickými faktormi a gynodioéciou je nepriama. Štúdia ukazuje, že gynodioécia vedie ku konvergentnému vývoju sexuálnych znakov v širokom spektre populácií, cytotypov a prostredí v rámci študovaného druhu.

25. 3. 2021 Loriana Demecsová, 13:00, cez aplikáciu Zoom

Hormonálne výkyvy jačmeňa: Úloha auxínu v stresovej odpovedi koreňov jačmeňa vyvolanej vplyvom kadmia

Rast a vývin rastlín ako aj ich odpoveď na zmeny prostredia sú vo veľkej miere regulované rastlinnými hormónmi. Počas nášho výskumu sme pozorovali, že akumulácia fytohormónu auxínu, kyseliny indolyl-3-octovej (IAA), v koreňoch jačmeňa je charakteristickým znakom mierneho a stredného stresu z kadmia (Cd), čo prispieva k preorientovaniu koreňového rastu ako aj k aktivácii obranných reakcií jačmeňa. Naopak, silný stres z Cd znížil hladinu IAA a bol spojený s vysokou tvorbou reaktívnych foriem kyslíka v koreňových apexoch, ako aj so zastavením koreňového rastu. Popritom, exogénna aplikácia kyseliny indolyl-3-maslovej (IBA), prekurzora IAA, zvýšila toleranciu rastlín na Cd, keďže predovplyvnenie jačmeňa s IBA zvýšilo tvorbu oxidu dusnatého v koreňoch, čo efektívne znížilo vysokú hladinu superoxidu prítomnú pri silnom strese z Cd, následkom čoho bola akumulácia menej toxického peroxynitritu sprevádzaná výrazne nižšou Cd-indukovanou bunkovou smrťou. Aplikácia inhibítora IAA signalizácie na korene predovplyvnené IBA zvýšilo ich toleranciu voči Cd, čo koreňom pomohlo prekonať aj vystavenie smrteľnej koncentrácii Cd bez úplnej inhibície koreňového rastu.

Rok

2020

19. 3. 2020 Munazza Kiran (University of the Punjab, Pakistan)

Dermoloma: waiting for its dawn!

Dermoloma J. E. Lange ex Herink is a poorly known genus of small, grey or brown coloured agarics of the family Tricholomataceae. European species have been mostly reported from grassland ecosystems and are considered as to be a part of a group of fungi with special conservation interest often referred to as CHEGD. Twenty two out of 34 valid species names of the genus Dermoloma are published from Europe. However, the number of accepted species is very variable in Europe, ranging from 3 to 18. The most recent general European key of Nordic mycobiota to agarics distinguishes only 3 Dermoloma spp. Our preliminary phylogenetic analysis revealed several unrelated phylogenetic lineages of Dermoloma but only few are identified based on a type sequence. There is a dire need of more precise morphological studies and of multiple loci sequencing to delimit taxonomic units and to assign names for already described species.

27. 2. 2020 Ben Avis (Indiana University Northwest, USA), 13:00, zasadačka BÚ CBRB SAV na prízemí

Insight in understanding diversity of fetid Russula in US Midwest

The fetid Russula group in eastern North America has been well studied historically, but recent research has focused primarily on genetics instead of morphology. The lack of morphological focus has resulted in microscopy methods to be largely unknown in United States mycology. In an attempt to introduce these methods to the mycological community in the US, I am applying standardized methods developed by Slavomír Adamčík on specimens collected in eastern North America. Through genetic analyses, we believe these specimens belong to two distinct clades at species rank. We have also found that they are both related to R. pectinatoides and R. cerolens. In order to describe these clades as new species, we must find morphological differences not only between these two clades but also between each clade in the lineage. Compared to other ectomycorrhizal fungi, fetid Russulas prefer nitrophilic habitats. Due to the recent nitrification of habitats located near agricultural areas in eastern North America, further research about the ecological function of this group is important.

30. 1. 2020 Zuzana Čiamporová – Zaťovičová, 13:00, zasadačka BÚ CBRB SAV na prízemí

Biomonitoring 2.0 – nový prístup k hodnoteniu stavu a kvality vodných ekosystémov s využitím molekulárnych dát

Kvalita povrchových a podzemných vôd je v súčasnosti pod silným antropogénnym tlakom a aj preto podľa Rámcovej smernice o vode európske štáty vrátane Slovenska vodné ekosystémy pravidelne monitorujú. Súčasné hodnotenie kvality vôd je založené na morfologickej determinácii vodných organizmov, čo obnáša množstvo úskalí. Ako možné riešenie týchto nedostatkov sa v súčasnosti testujú vysoko výkonné metódy genetického skríningu, ako je (e)DNA metabarkóding. Potenciál tohto „biomonitoringu novej generácie“ („Biomonitoring 2.0“) sa momentálne rieši v rámci COST projektu „DNAqua.Net“, ktorý združuje vyše 300 expertov z celého sveta. Kľúčovou podmienkou pre nový spôsob biologického monitoringu je existencia robustných referenčných knižníc (databáza BOLD) umožňujúcich determináciu metabarkódingových dát, na čom sa podieľajú aj výskumníci z Odd. Geobotaniky CBRB SAV. Napriek existujúcim barkódingovým iniciatívam v zahraničí stále existujú výrazné medzery v pokrytí vodnej bioty Európy referenčnými molekulárnymi dátami, vrátane lokálnej vnútrodruhovej variability. To nás viedlo k založeniu platformy AquaBOL.SK, ktorej hlavným cieľom je vybudovať kvalitnú referenčnú knižnicu molekulárnych dát vodnej bioty Slovenska pre vedecké účely, aj využitie v praxi.

23. 1. 2020 Zuzana Fačkovcová & Luca Paoli, 13:00, zasadačka BÚ CBRB SAV na prízemí

Vplyv ťažby dreva v mediteránnych dubových lesoch na lišajníky indikujúce vysokú kvalitu prostredia

Znečistenie ovzdušia a intenzívne obhospodarovanie lesov môžu výrazne ovplyvniť prežitie epifytických lišajníkov zabezpečujúcich významné funkcie v lesných ekosystémoch. Trvalo udržateľné obhospodarovanie by preto malo zohľadňovať aj prežitie citlivých kryptogamov, ktoré majú dlhší regeneračný čas, a teda zabezpečiť fungovanie lesných ekosystémov. Na príklade ohrozeného makrolišajníka Lobaria pulmonaria (L.) Hoffm., ktorý je považovaný za „vlajkový“ druh lesných ekosystémov s dlhou ekologickou kontinuitou, rozoberieme vplyv manažmentového zásahu na vitalitu jeho populácií v mediteránnom dubovom lese a uvedieme tiež výskumné témy zamerané na zistenie vhodných manažmentových opatrení pre zachovanie populácií tohto ohrozeného lišajníka.

Rok

2019

5. 12. 2019 o 13.00 zasadačka BÚ CBRB SAV na prízemí

Skryté naturalizácie až invázie pod našimi oknami: pozoruhodné cievnaté rastliny splanené v areáli SAV v Bratislave-Patrónke

Pavol Mereďa ml. & Dominik Romam Letz

V areáli Slovenskej akadémie vied v Bratislave-Patrónke a v blízkom okolí sa vyskytuje viacero cievnatých rastlín, ktorých spontánny výskyt je na Slovensku veľmi zriedkavý, resp. nedostatočne zmapovaný. Patria sem aj 4 listnaté dreviny, ktorých splanievanie bolo zo Slovenska doposiaľ uvádzané len v rámci Arboréta Mlyňany, pričom v areáli SAV tieto druhy vytvárajú často mnohopočetné populácie mimo kultivovaných plôch. Pod oknami Botanického ústavu CBRB SAV sa tak ukrýva zaujímavé prírodné laboratórium šírenia a zdomácňovania exotických rastlín, do ktorého Vás v prednáške pozývame vstúpiť a pozorovať v ňom práve prebiehajúce procesy.

26. 11. 2019, utorok 13:00 zasadačka BÚ CBRB SAV na prízemí

1. Evolúcia na homoploidnej úrovni na príklade dvoch zástupcov z čeľade Asteraceae

Katarína Skokanová

Na základe štúdia genetickej, morfologickej, ekologickej variability a variability vo veľkosti DNA dnes vieme, koľko druhov a podruhov tvorí skupiny Cyanus tuberosus a koľko agregát Tephroseris longifolia. Zástupcovia oboch skupín patria medzi 85% rastlín, na ktorých vzniku sa priamo nepodieľala polyploidizácia. V rámci prednášky chcem preto poukázať na podobné vzory variability v rámci týchto homoploidných skupín a rozobrať mechanizmy a faktory podmieňujúcediverzifikáciu na homoploidnej úrovni.

2. Evolučný význam duplikácie genómu: prípad jedného bulharského chlpánika

Barbora Šingliarová

Duplikácia celého genómu (polyploidizácia) je jednou z hlavných evolučných síl u krytosemenných rastlín. Zatiaľčo u niektorých skupín k nej došlo v dávnej minulosti, u iných je stále prebiehajúcim procesom. Táto najzávažnejšia mutácia v rastlinnej ríši ovplyvňuje reprodukčné procesy, expresiu génov, fenotyp, fyziológiu, a tým aj ekológiu vznikajúcich polyploidov. V mojej prednáške Vám porozprávam o jej priamych dôsledkoch na evolučné úspechy a neúspechy mojej obľúbenej rastliny, ktorej súkromie napádame z rôznych strán už dlhé roky.

7. 11. 2019 o 10:30 zasadačka BÚ CBRB SAV na prízemí

1. Karpatské lúky a pasienky – premeny v čase z pohľadu optimistického prírodovedca

Monika Janišová

Poloprírodné lúky a pasienky sú spoločným dielom človeka, prírody a času. Tak ako sa mení ľudská spoločnosť, menia sa aj oni, ich rozloha, druhové zloženie, diverzita. Hlbším pohľadom do histórie môžme pochopiť mnoho z našej súčasnosti. Na príkladoch z rôznych regiónov Karpát si ukážeme vplyv spoločenského, ekonomického a politického vývoja na súčasný stav rastlinnej rozmanitosti travinno-bylinných biotopov. Zamyslíme sa, prečo je potrebné chrániť lúčnu biodiverzitu a ako môžeme naše prírodovedecké odhodlanie predostrieť verejnosti v tejto modernej dobe.

23. 10. 2019 o 13:00 zasadačka BÚ CBRB SAV na prízemí

1. Zväz Polygono-Trisetion – posledný mohykán horských kosných lúk v Karpatoch – minulosť, prítomnosť, budúcnosť

Katarína Vantarová

Horské trojštetové lúky združujú spoločenstvá horských mezofilných lúk, vyvinutých na stredne hlbokých až hlbokých pôdach s obsahom vápencového skeletu. V druhovom zložení sú dominantne a konštantne zastúpené širokolisté byliny a lúčne druhy triedy Molinio-Arrhenatheretea, ku ktorým pristupujú druhy vysokohorských bylinných nív triedy Mulgedio-Aconitetea a druhy alpínskych trávnikov. V súčasnosti je celkový charakter horských, kosných lúk mozaikovitý. Vyskytujú sa prevažne maloplošne a sú viazané na montánny, submontánny až subalpínsky stupeň pohorí. Cieľom výskumu je vytvorenie nadnárodného syntaxonomického prehľadu a revízia zväzu Polygono-Trisetion v Karpatoch (Slovensko, Poľsko, Ukrajina a Rumunsko) použitím moderných klasifikačných metód (numerická klasifikácia, semi-supervised K-means, Elektronický expertný systém, DCA) a ekologické zhodnotenie vegetácie.

2. Sledovanie vplyvu manažmentových zásahov a jeho význam pre údržbu a ochranu lúčnych spoločenstiev

Iveta Škodová

Mnohé poloprírodné travinno-bylinné biotopy európskeho významu v rámci NATURA 2000 sú v rámci celej Európy v súčasnosti v nepriaznivom stave v dôsledku sukcesných zmien, ku ktorým dochádza najmä po opustení obhospodarovania. Ak sa nebude na lúkach pásť a kosiť, postupne zarastú lesom (v horšom prípade sa zastavajú). Ak ale chceme, aby tieto biotopy zostali v reprezentatívnej miere zachované, buď opustíme pohodlie našich kancelárií a začneme chovať dobytok a „dorábať chlieb náš každodenný” vlastnými rukami a obnovíme hospodárenie v krajine, alebo budeme umelo stimulovať určitý spôsob manažmentu s cieľom blokovať sukcesiu. My sme sa zatiaľ rozhodli pre tú druhú cestu a už od roku 2007 (desať rokov) kontinuálne sledujeme vplyv mulčovania ako alternatívneho manažmentového zásahu v porovnaní s tradičným kosením na trvalých plochách v Bielych Karpatoch. Doterajšie výsledky z týchto trvalých plôch ukázali, že krátkodobé použitie mulčovania ako obnovného zásahu má priaznivý vplyv na druhovú diverzitu spoločenstva. Po veľkoplošnom obnovnom zásahu v NPR Devínska Kobyla v roku 2016 a po obnove pastvy v r. 2013 sme využili zaujímavú výskumnú príležitosť a založili sme trvalé plochy na sledovanie vplyvu obnovného manažmentu tak, aby sa sledovali porasty s rôznou intenzitou zásahu (v závislosti od zarastenia náletovými drevinami pred zásahom a s rôznou intenzitou pastvy). Na základe zistených výsledkov bude možné posúdiť efektivitu zásahov, ako aj formulovať odporúčania pre ochranársku prax.

1. 10. 2019, utorok 13:30 zasadačka BÚ CBRB SAV na prízemí

Membránové proteíny v rastlinných bunkách a náš príspevok k poznaniu niektorých z nich

Ján Jásik

Okolo 20 % génov v genómoch eukaryotických buniek kóduje proteíny, ktoré sú asociované s membránou. Integrálne membránové proteíny obsahujú aspoň jednu, zvyčajne viacej, transmembránových domén, ktoré sú tvorené minimálne z 20-tich hydrofóbnych aminokyselín ako sú leucín, isoleucín, valín. Tento úsek sa dokáže vnoriť do lipidickej dvojvrstvy membrán. Membránové proteíny majú rozmanité funkcie. Pomocou niektorých membránových proteínov, ktoré slúžia ako próby sa študuje aj dynamika samotných membrán ako exocytóza, endocytóza, vezikulárny transport a fúzia membrán. Týmto procesom v rastlinných bunkách sa venuje len posledných 10-15 rokov a sú pomerne málo preskúmané. V našich projektoch sa zaoberáme niektorými membránovými proteínmi ako sú rastlinné synaptotagmíny, IRT transportéry železa, PIN auxínové transportéry či DEK1 proteín. Molekulárno-biologickými, genetickými, farmakologickými, bunkovo-biologickými, chemicko-analytickými a mikroskopickými metódami sa snažíme nájsť funkciu proteínov, študovať reguláciu expresie ich génov na rôznorodej úrovni a charakterizovať vnútrobunkovú dynamiku proteínov. Pokúsim sa uviesť, aké sme zhruba dosiahli výsledky a načrtnúť ďalšie smerovanie projektov. Môj príspevok bude slúžiť ako úvod pre prednášky ďalších členov kolektívu, ktorí podrobnejšie rozoberú riešené problematiky.

24. 9. 2019, utorok 13:00 zasadačka BÚ CBRB SAV na prízemí

Nepôvodné druhy vodných rastlín na Slovensku: čo tu máme a čo by sme mohli mať, odkiaľ prišli a kde sa u nás cítia dobre, a pár návrhov ako ďalej v ich výskume

Richard Hrivnák (spolupráca s Jana Podroužková Medvecká, Peter Baláži, Kateřina Bubíková, Helena Oťaheľová, Marek Svitok)

Nepôvodné druhy vyšších rastlín už dnes predstavujú významnú časť slovenskej flóry. Vodné rastliny boli doposiaľ len nepatrným zlomkom tejto rozmanitosti. Štúdiom existujúcich údajov a intenzívnou a dlhodobou terénnou prácou sme získali aktuálne informácie o histórii týchto druhov, ich distribúcii a ekológii na území Slovenska. Súčasné poznanie nám umožňuje načrtnúť ďalšie smerovanie výskumu tejto špecifickej skupiny našej flóry do budúcnosti.

19. 9. 2019, štvrtok 13:00 zasadačka BÚ CBRB SAV na prízemí

Evolúcia, biogeografia a ekológia príbuzných lišajníkov so silnou afinitou k Mediteránnej klíme

Anna Bérešová

V súčasnosti sa lichenológom už málokedy na prírodných lokalitách Slovenska prihodí nasledovné: pozeráme sa na niečo viditeľné voľným okom a je hneď jasné, že to určite nepatrí k žiadnemu z vyše 1500 druhov uvádzaných z nášho územia. Toto sa nám prihodilo aj v roku 1999 v Malých Karpatoch, neďaleko od Malaciek. Po vychutnaní pekného výhľadu na okolité skalné steny a lesy nás na zlepencovej stene upútali z diaľky viditeľné, jasno biele stielky lišajníkov. Potešili sme sa – to predsa rastie v Stredomorí. Našli sme ďalší zaujímavý prvok. Nález lišajníka solenopsóry belavej nás zaujal. V nasledujúcich rokoch sme zistili, že nájsť ho v karpatsko-panónskej oblasti Slovenska nie je také jednoduché. Doteraz sme ho videli len na piatich ďalších miestach (a pátrame intenzívne). Najprv sme sa zaoberali fylogenetickými aspektami zástupcov tohoto rodu, neskôr fylogeografiou mykobionta solenopsóry belavej. Aktuálne sa venujeme podrobnejšie druhému kľúčovému partnerovi symbiotickej asociácie tohoto zaujímavého lišajníka, fotoautotrofným riasam. A čomu všetkému sa popri tom venujeme?

2. 7. 2019, zasadačka BÚ CBRB SAV na prízemí

1. Interakcia medzi reaktívnymi formami kyslíka a auxínmi pri koreňovom raste

Interplay between reactive oxygen species and auxin signalling during root growth

Mgr. Loriana Demecsová

Reactive oxygen species (ROS) are versatile molecules participating in a numerous cellular processes. Whereas the biotic and abiotic stress produced ROS are well known to cause oxidative stress, leading to cell damage; there is also a role for ROS in plant cell signalling during various physiological processes. Furthermore current research suggests that the plant growth regulator auxin may be the connecting link regulating the level of ROS and directing its role in oxidative damage or signalling in plant. Therefore the aim of this seminar is to report about recent knowledge about the possible interplay between ROS and auxin signalling, be it during root growth, root gravitropism or during stress conditions.

Reaktívne formy kyslíka (RFK) patria medzi molekuly zúčastňujúce sa mnohých bunkových procesov rastlín. Je všeobecne známe, že RFK vyvolané biotickým alebo abiotickým stresom spôsobujú oxidačný stres, vedúci k poškodeniu buniek; avšak RFK majú svoju funkciu aj pri signalizácii v rastlinných bunkách počas rôznych fyziologických procesov. Okrem toho súčasný výskum naznačuje, že jeden z regulátorov rastu rastlín, auxín, môže byť spojovacím článkom, ktorý reguluje hladinu ako aj funkciu RFK či už pri oxidačnom poškodení alebo pri signalizácii v rastline. Preto je cieľom tohto seminára predstaviť najnovšie poznatky o možnej interakcii medzi RFK a auxínmi, či už pri raste koreňa, koreňovom gravitropizme alebo počas stresových podmienok.

2. Phylogenetic analyses and discovery of new species of the genus Russula (Fungi) associated with Quercus humboltii in Colombia

Michelle Vera Castellanos

Universidad del Rosario, Bogotá, Colombia; the IAPT research grant at Plant Science and Biodiversity Centre SAS

Colombia is the country with the highest diversity of different groups of organisms in the world, for example of orchids and birds. This is not true for diversity of oak trees, the country with highest diversity of oaks is Mexico and Colombia has only one oak species, Quercus humboltii, that is the only natural oak species in South America and is endemic to the country. Oak is the host tree of ectomycorrhizal fungi and specifically it is known for high species diversity of Russula species colonising its roots. Very little is known about Russula diversity in Colombia, and only 6 native species very described from the country. Majority of Russula reports from Colombia originates from oak forests and the species are often named with European or North American names. There is no a single phylogenetic study to prove broad distribution of Colombian Russula species and not a study confirming their possible genetic isolation. The Colombian oak is separated from oak forests of Panama and Latin America by a climate disjunction of Panama Isthmus that suggests possible speciation by distance within populations of Colombian Russula. However, some fungal symbionts of oak are also associated with alternative hosts allowing them wider distribution. Our study is comparing collections of Russula from oak mountainous forests of Colombia with Russula collections from North Panama associated with alternative host Oreomunnea mexicana. A significant result of the study is discovery of new species of recently described group (2019) in Colombia with identical ITS nrDNA sequences to Panama collections.

25. 6. 2019 seminárna miestnosť C 2062, ÚGBR CBRB SAV

Proteomická analýza embryogénnych pletív borovice čiernej (selekcia bunkových línií s rozdielnou maturačnou kapacitou)

Katarína Klubicová

Somatická embryogenéza predstavuje účinný regeneračný systém, vhodný na štúdium základných otázok vývinu rastlín. Je považovaná aj za vhodnú metódu vegetatívneho rozmnožovania ihličnatých drevín pomocou in vitro kultúr. Doteraz nie sú úplne objasnené procesy maturácie somatických embryí a regenerácie somatických semenáčov. Cieľom výskumu je identifikácia extracelulárnych proteínov embryogénnych línií s odlišnou embryogénnou kapacitou s použitím proteomických metód. Identifikované proteíny budú podkladom na navrhnutie potenciálnych markerov pre somatickú embryogenézu a charakterizácia proteínov aktívnych pri regulácii môže prispieť k lepšiemu pochopeniu procesov prebiehajúcich počas somatickej embryogenézy u ihličnatých drevín.

30.5. 2019, štvrtok o 13:00 zasadačka BÚ CBRB SAV na prízemí

1. Faunistika v 21. storočí – faunistika nie sú len body v mape

Ing. Tomáš Čejka, PhD.

Napriek tomu, že faunistika by mala byť jedným z prvotných a základných zdrojov informácií o prírode konkrétnych prírodných celkov, je v posledných desaťročiach považovaná za marginálny odbor. Prednáška prináša pohľad na komplexne ponímaný faunistický výskum a jeho význam pre ďalšie vedné odbory, napr. ekológiu druhov či spoločenstiev živočíchov, paleoekológiu, chorológiu, ochranu prírody a i.

2. Unraveling the diversity of an ectomycorrhizal genus Russula in Pakistan

M.Phil. Munazza Kiran (University of the Punjab, Pakistan), 13:00, zasadačka BÚ CBRB SAV na prízemí

The genus Russula is one of the largest genera of mushroom forming fungi. A large majority of species included in the genus are edible and they play a vital role in forest ecology because of their ectomycorrhizal association to some dominant tree species. Pakistan has a great variety of landscapes with diverse topography and thus a high diversity of ecosystems and habitats. The Himalaya, Hindukush and Karakoram mountain ranges host important forests in Pakistan. These have a great and varied funga associated with the mycorrhizal tree species i.e., Abies pindrow, Cedrus deodara, Juniperus macropoda, Pinus gerardiana, Picea smithiana, Pinus wallichiana. In contrast to the global knowledge of the genus, very little is known about this genus in Pakistan. Various fungal forays, over recent years, have indicated that this is an under-sampled geographic region. Recent collections and molecular phylogenetic studies have demonstrated that the Russula diversity in Pakistan is different from European continent and majority of species might be new to science.

28. 5. 2019 seminárna miestnosť C 2062, ÚGBR CBRB SAV

Sú referenčné gény skutočne referenčné ? (selekcie vhodných referenčných génov na štúdium expresie)

Andrea Hricová

Pri štúdiu funkcie jednotlivých rastlinných génov je dôležité sledovať ich expresiu počas rôznych vývinových štádií, v rôznych pletivách, ale aj v rôznych environmentálnych podmienkach. V súčasnosti existuje niekoľko nástrojov odhaľujúcich expresiu génov záujmu resp. kvantifikáciu expresie týchto cieľových génov. Jedným z nich je qRT-PCR, ako veľmi citlivá a presná metóda kvantifikácie génovej expresie v reálnom čase. Pri jej použití je nevyhnutným predpokladom výber vhodného referenčného génu s vyhovujúcou ale najmä stabilnou expresiou bez ohľadu na skúmaný rastlinný druh či experimentálne podmienky.

24. 5. 2019, piatok o 10:30 zasadačka BÚ CBRB SAV na 3. poschodí

Polkruhovité hrubnutie bunkových stien kortexu v koreňoch N. caerulescens a jeho podobnosť s phi-hrubnutím

Phi-like crescent cortical thickenings in roots of N. caerulescens

Mgr. Ján Kováč

Phi thickenings occur in some roots as a cortical cell wall modification, together with endodermal/exodermal Casparian bands and suberin lamellae. Although the function of the two latter mentioned modifications is known, phi thickenings remain a mystery even after decades of research. The missing consensus about the function of phi thickenings is caused by a variability in their shape, position and species in which they occur. Interestingly, the cross-section of the thickenings resembling the Greek letter phi (after which the thickenings are names) may in some species resemble more the letter “C” or a half-moon, and they occupy a substantial part of the cell wall. The aim of this seminar will be to summarize the information about these crescent thickenings in comparison with ordinary phi thickenings. Issues about structure and ultrastructure, composition, development and distribution together with possible function of crescent thickenings will be discussed.

Phi hrubnutie je podobne ako tvorba Casparyho pásikov a suberínových lamiel modifikáciou bunkových stien kortikálnych buniek v koreňoch niektorých rastlín. Kým posledné dve modifikácie majú známu funkciu, phi hrubnutie bunkových stien je záhadou aj napriek desaťročiam od jeho objavenia. Nejasnosti vo funkcii phi hrubnutia sú spôsobené rozdielmi v tvare, umiestnení a vo variabilite druhov, v ktorých sa hrubnutie tvorí. Vo väčšine prípadov profil zhrubnutia pripomína fí (phi), písmeno gréckej abecedy (podobnosť s ním dala uvedenému hrubnutiu meno). Pri niektorých druhoch je však tento profil viac podobný písmenu „C“, má tvar polkruhu a zaberá podstatnú časť bunkovej steny. Cieľom seminára je súhrn informácií o tomto polkruhovitom hrubnutí a jeho porovnanie s klasickým phi hrubnutím. Zhrubnutie bude prezentované z hľadiska štruktúry a ultraštruktúry, zloženia, formovania a výskytu a rovnako aj z hľadiska možnej funkcie.

9. 5. 2019, štvrtok o 13:00 zasadačka BÚ CBRB SAV na prízemí

Čo nám priniesli vlaky z východu?

RNDr. Jana Májeková, PhD.

Doprava je dôležitým faktorom v šírení rastlinných druhov a zohráva dôležitú úlohu v introdukcii nepôvodných druhov. Zameriame sa na železničný uzol juhovýchodného Slovenska – najdôležitejšiu vstupnú bránu do Strednej Európy. Ako vyzerá floristické zloženie prekladísk Čierna nad Tisou, Dobrá, Maťovce a Veľké Kapušany? Rastú tu tie isté druhy, čo aj inde na Slovensku? A rástli tu rovnaké druhy v minulosti a teraz? Prišli k nám z východu vlakom nejakí čierni pasažieri, prípadne prepašovali sme my nejakých na východ?

30. 4. 2019 seminárna miestnosť C 2062, ÚGBR CBRB SAV

Úloha dehydrínov (gén At1g54410) pri tolerancii voči vybraným typom abiotického stresu pri tabaku

Eva Boszorádová

Dehydríny sú jednou z najviac charakterizovaných skupín LEA („Late embryogenesis abundant proteins“) proteínov. Sú považované za multifunkčné proteíny, ktoré sú prioritne spájané s procesom embryogenézy, ale môžu sa akumulovať aj vo vegetatívnych pletivách rastlín počas celého životného cyklu rastliny. V Arabidopsis thaliana bolo doposiaľ identifikovaných 10 dehydrínových génov. Všetky tieto gény obsahujú oblasti bohaté na histidín (His), ktoré vykazujú silnú afinitu ku kovom. Oblasti bohaté na His sa môžu podieľať aj na redukcii reaktívnych foriem kyslíka. Jedným z týchto génov je aj At1g54410, ktorého úlohu pri tolerancii voči vybraným typom abiotického stresu (ťažké kovy – Cd, Cu a Zn a salinita – NaCl) sme sledovali po jeho transformácii do rastlín tabaku.

25.4. 2019, štvrtok zasadačka BÚ CBRB SAV na prízemí

Diverzita a interakcie húb travinných spoločenstiev – ďalší prvok k pochopeniu environmentálnych procesov poloprirodzených travinných porastov

Mgr. Miroslav Caboň, PhD.

Travinné porasty predstavujú významné diverzitné centrá flóry a mykoflóry strednej Európy. Vývoj mykobioty týchto stanovíšť trvá desiatky až stovky rokov, avšak poloprirodzené travinné spoločenstvá v súčasnosti rapídne ubúdajú a degradujú, najmä vplyvom nevhodného manažmentu alebo sukcesie. CHEGD je skratka pre pre zástupcov čeľade Clavariaceae, rodov Hygrocybe a Entoloma, čeľade Geoglossaceae a rodu Dermoloma (takisto sú sem radené rody Camarophyllopsis a Porpoloma). Odhaduje sa, že CHEGD huby tvoria až 50% z celkovej diverzity ca. 400 druhov makroskopických húb európskych travinných porastov, pričom ich interakcie s inými organizmami a ich úloha v ekosystéme nie sú doposiaľ objasnené. Objasnenie týchto procesov môže predstavovať významný prínos k pochopeniu enviromnentálnych procesov a zmien v travinných spoločenstvách.

11. 4. 2019, štvrtok o 13:30 zasadačka BÚ CBRB SAV na prízemí

Molekulárne dáta v štúdiu diverzity, taxonómie a fylogenézy vodných chrobáčikov – príklady z Južnej Ameriky

RNDr. Fedor Čiampor, Phd.

Všetci vieme, že naše poznatky o svetovej biodiverzite sú stále do značnej miery neúplné a tento fakt je ešte vypuklejší v takých bohatých skupinách ako sú chrobáky. Bohužiaľ, podľa najnovších zistení hmyz vymiera a diverzita sa stráca. Drobnou náplasťou môžu byť nové poznatky o doposiaľ nepoznaných taxónoch, ktorých objavovanie aspoň trošku zmierňuje všeobecne negatívny trend. Vodné chrobáky čeľade Elmidae Južnej Ameriky sú z tohto pohľadu veľmi dobrým objektom. Štúdium taxonómie, systematiky a fylogenetických vzťahov týchto krásnych malých chrobáčikov za pomoci molekulárnych dát poskytuje úplne nový a výrazne pestrejší pohľad na ich súčasnú diverzitu.

3. 4. 2019, streda 13:00 zasadačka BÚ CBRB SAV na prízemí

Mechanizmus pozičnej signalizácie v rastlinách – pochopenie DEK1 dráhy.

The mechanism of positional signalling in plants – understanding of the DEK1 pathway

Mgr. Viktor Demko, PhD., Prírodovedecká fakulta, Katedra fyziológie rastlín, UK

Defective Kernel 1 (DEK1), je veľký membránový proteín s esenciálnou funkciou pre rast a vývin rastlín. Pozostáva z 23-spanning transmembránovej domény, Linker-segmentu a C-terminálne kalpaín proteázy. Loss-of-function mutácie Dek1 sú embryo-letálne a jeho znížená expresia spôsobuje rozličné defekty vrátane straty epidermálnej identity a nefunčných meristémov. Tento projekt je zameraný na odhalenie mechanizmu aktivácie DEK1 kalpaínu a identifikáciu jeho potenciálnych substrátov. V projekte kombinujeme viaceré prístupy, vrátane genetiky, bunkovej biológie a štruktúrnej biológie.

Defective Kernel 1 (DEK1), is a large membrane protein with essential functions in plant growth and development. DEK1 consists of a 23-spanning transmembrane domain, a Linker segment and C-terminal calpain protease. Loss-of-function dek1 mutants are embryo-lethal and its down-regulations cause various defects including the loss of epidermal identity and non-functional meristems. In this project we aim to unravel how is the DEK1 activated and what are its direct cellular substrates. In order to solve these problems, we combine various approaches including genetics, cell biology, and structural biology.

26. 3. 2019 Seminárna miestnosť C 2062, ÚGBR CBRB SAV

Krykonzervácia rastlinných buniek a pletív

Terézia Salaj

Kryokonzervácia je metóda udržiavania rastlinných buniek, pletív a orgánov pri ultranízkych teplotách v tekutom dusíku (-196 °C). Táto metóda sa úspešne aplikovala pre mnohé rastlinné druhy, vrátane drevín. Vzhľadom na vysokú regeneračnú schopnosť embryogénnych pletív ihličnatých drevín, je veľmi vhodná na ich dlhodobé uchovávanie. Pri ihličnatých drevinách sa úspešne použila metóda pomalého zmrazovania. Seminár je zameraný na teoretické základy kryokonzervácie a tiež na prezentáciu výsledkov, ktoré sme dosiahli pri kryokonzervácii borovice čiernej a hybridných jedlí.

19. 3. 2019, utorok 13:00, zasadačka BÚ CBRB SAV na prízemí

Ostrovy vnútrozemskej slanomilnej vegetácie v temperátnej zóne Európy – čo ich spája a čo delí?

Daniel Dítě & Zuzana Dítě

Cieľom výskumu sú vnútrozemské „ostrovy“ s výskytom halofytov od regiónu Sasko-Anhaltska v Nemecku, cez severozápadné Čechy, poľský región Kujawy, slovenský Spiš, západoukrajinský región Drohobych, cez celú Panóniu (južná Morava, oblasť Neziderského jazera, Zadunajsko (západné Maďarsko) a Veľká Uhorská nížina – Maďarsko, srbská Vojvodina, západné Rumunsko) až po enklávy slanísk v rumunskej Transylvánii a v pohorí Harghita. Na základe dosiaľ publikovaných a vlastných dát charakterizovať abiotické a biotické faktory jednotlivých vnútrozemských ostrovov halofytnej vegetácie v temperátnej zóne Európy s cieľom ich komplexného porovnania.

26. 2. 2019, utorok seminárna miestnosť C 2062, ÚGBR CBRB SAV

Molekulárne faktory zodpovedné za niektoré kvantitatívne vlastnosti semien láskavca po iradiácii

Veronika Lancíková

Výskum láskavca patrí medzi dlhodobo riešené projekty na ÚGBR CBRB SAV. Radiačnou mutagenézou boli pripravené prvé slovenské línie láskavca, ktoré predstavujú vzácny šľachtiteľský materiál. Sú charakteristické trvale zvýšenou hmotnosťou tisíc semien (HTS), jedným z najdôležitejších úrodotvorných prvkov, a väčšími semenami v porovnaní s pôvodnými genotypmi a komerčnými odrodami. Existuje predpoklad, že zvýšená hmotnosť a veľkosť semien mutantných línií láskavca je geneticky fixovaným znakom. „KVANTITA a/alebo KVALITA?“ je nosnou otázkou, ktorou sa bude prednáška zaoberať. V prednáške budú identifikované niektoré molekulárne faktory, ktoré môžu byť zodpovedné za mutantný fenotyp. Keďže škrob predstavuje hlavnú zložku semien láskavca, predstavené budú analýzy expresie génov zapojených v biosyntetickej dráhe škrobu. Na biochemickej úrovni bude prezentovaný vplyv iradiácie na celkový obsah škrobu, obsah amylózy a amylopektínu v semenách mutantných línií láskavca.

21. 2. 2019 štvrtok, 13:00, zasadačka BÚ CBRB SAV na prízemí

1. Heavy metal and micronutrient continuum in fertilizer soil-plant system in selected areas of Eastern Dry Zone of Karnataka

Vidya Chuirappurathu Sukumaran Nair

Intensive Agriculture has led to excessive nutrient uptake from soil, fertilizer and manure sources. Soil enrichment with manures and fertilizers is an old practice, however the fertilizers are obtained from ores containing metals of various levels. The addition of fertilizer containing heavy metals over the years could lead to its accumulation in soils. Thus, there is a possibility of entry in to plant system and to the human food chain. This study on the micronutrient and heavy metal distribution in fertilizer-soil-plant system in selected areas of Eastern Dry Zone of Karnataka provides an insight in to the micronutrient and heavy metal status of the area and its content in grapes, maize and mulberry. The high organic carbon was recorded in grape growing soils compared to maize and mulberry growing soils due to high organic manure addition. Cadmium was not detected in soil samples and Cr was present in trace amounts. The total metal content in soils of study area was within maximum tolerable levels. The Cu content in leaves and fruits of grapes exceeded the limits (20 mg kg^-1). This study dispels several reports that addition of DAP (Diammonium phosphate) over the years have led to accumulation of cadmium and other heavy metals.

2. Krídlatky (Fallopia sect. Reynoutria, Polygonaceae): notoricky známe a predsa nepoznané

Pavol Mereďa jun., Iva Hodálová

Krídlatky patria vo svete i na Slovensku k notoricky známim inváznym rastlinám. Napriek tomu, že ich je vo svete len niekoľko (do 10) druhov a ročne sa k rôznym aspektom ich genetiky, rozšírenia, šírenia a pod. vyprodukuje množstvo článkov, viaceré aspekty z ich biológie zostávajú stále neznáme. V prednáške si predstavíme danú skupinu, ako aj otázky, ktorých zodpovedanie, či už vo svetovom alebo slovenskom meradle, stále „leží na stole“. K zodpovedaniu časti z nich by mal prispieť aj nový Vega projekt riešený na Botanickom ústave od roku 2019 s názvom „Determinácia, šírenie a vplyv inváznych rastlín na prirodzené ekosystémy: príkladové štúdie na rodoch Centaurea, Fallopia a Solidago„.

6. 2. 2019 streda, 10:00, zasadačka BÚ CBRB SAV na prízemí

Botanický informačný systém – quo vadis?

Cesta z bodu 0 k bodu https://www.youtube.com/watch?v=mWJQOJxMPZw

Milan Valachovič, Milan Chytrý* & Jiří Danihelka*

*Ústav botaniky a zoologie, Přírodovědecká fakulta, Masarykova univerzita Brno

BÚ CBRB SAV buduje Botanický informačný system. Jeho súčasť je databáza zápisov CDF, Databáza flóry Slovenska (Dataflos), karyologická databáza a ďalšie, viac-menej sprístupnené na webstránke ústavu. Dataflos avizuje zobrazovanie výskytu taxónov na rôznych podkladových mapách, ukladanie a zobrazovanie fotografií dokladových položiek, vyhľadávanie a triedenie údajov podľa rôznych kritérií (názov druhu, rodu, čeľaďe, obce, fytogeografického okresu a i.), export vyselektovaných literárnych a herbárových údajov z databázy. Výhľadovo bude slúžiť na zhromažďovanie literárnych a herbárových údajov aj o výskyte nižších rastlín na Slovensku a pre potreby spracovania ďalších zväzkov edície Flóra Slovenska. Prednáška s následnou diskusiu bude smerovať k tomu, čo urobiť, aby sme budúci čas premenili na prítomný.

29. 1. 2019, utorok, seminárna miestnosť C 2062, ÚGBR CBRB SAV

Vnútrodruhová variabillita ekotypov Arabidopsis thaliana ako odpoveď na stres indukovaný kadmiom

Miroslav Perniš

Industrializácia spoločnosti so sebou prináša zvýšené riziko ekologických katastrof ako aj zväčšovanie území znečistených rádionuklidmi a ťažkými kovmi (HM). V mechanizmoch, ktorými rastliny reagujú na prítomnosť HM (signálne a metabolické dráhy) zostáva mnoho detailov neobjasnených. Ekotypy Arabidopsis thaliana sa vyznačujú prirodzenou variabilitou v citlivosti voči ťažkým kovom a práce molekulárnej biológie naznačujú zvýšenú toleranciu ekotypu Chernobyl sprostredkovanú stabilizovaním genómu na úrovni efektívnych opráv poškodenej DNA. Autori predpokladajú vzťah medzi toleranciou voči kadmiu a dlhodobou chronickou radiáciou, ktorej sú rastliny vystavené. V našej práci vyhodnocujeme odpoveď troch rôznych ekotypov A. thaliana (Oasis, Columbia a Chernobyl) na stres indukovaný kadmiom v počiatočných fázach rastu na úrovni proteómu. Získané výsledky poukazujú na rozdielne reakcie ekotypov na prítomnosť kadmia a popisujú proteíny a mechanizmy podieľajúce sa na zvýšenej tolerancii ekotypu Chernobyl voči tomuto kovu.